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在执政三年后，陈水扁执政引起很大争议，有人批评是“从当选的那一天起就为连任做准备”。陈水扁早前反对党政合一，上台后却又兼任民进党主席，而且压制党内反扁势力与声音，让一些曾经参与党外运动的人感到被欺骗。2002年9 月，因军公教待遇改革问题，10万名教师在教师节发起游行；几个月以后，一直是民进党长期支持者的农民、渔民们，因不满陈水扁政府准备废除农渔会的政策，也曾上街抗议。
在两岸和外交政策方面，陈水扁一直是台独色彩浓厚的一名政治人物，在他的 5。20 就职演说中，陈水扁提出了“四不一没有”的承诺，在一定程度上缓和了两岸因他的当选而造成的紧张关系。1 年之后，他又提出了“一边一国”，导致两岸形势紧张。他的反复使得中国大陆不愿与其对话。而在对美关系上的日益紧张，让台湾驻美代表程建人在 2004 年 1月于“立法院”表示台湾和美国的关系目前是“史无前例的状况”。在公投法通过之后，美国、日本、欧盟等国对台湾问题表示关切，这些国家的政府不相信陈水扁的解释，并将他的行为解释为挑战台海现状。
在经济议题上，台湾民间企业界希望看到两岸三通，但是陈水扁政府以顾虑台湾安全为由，降低对大陆依赖，而不愿积极推动。在不愿三通的同时，扁批评商人不愿意留在台湾，“钱进大陆，债留台湾”。为取代西进大陆政策，陈水扁曾一度提出过“南下”政策，鼓励台商到东南亚投资，但最后成效不佳。
但陈水扁在一些选民，特别是南部选民中间还是享有很高的支持度。陈水扁被认为是“台湾之子”，是真正的台湾人。在南部草根阶层中他被认为是“总统”的不二人选。许多陈水扁的支持者将陈执政中的失败大致归咎于在野党的不断杯葛、反对、阻挠扁的执政。扁的支持者主要是闽南籍本省选民和台独主义者。
“大选”辩论的焦点2004年的大选，台湾朝野双方展开了激烈辩论，经济问题和两岸关系是重点议题。经济问题上，在野的国亲两党指责陈水扁政府无能，搞垮了台湾的经济。在野党进一步比较民进党执政前与执政后的经济形式，试图证明民进党任内的台湾经济在下滑，失业人数上升，而大学新毕业生则越来越难找到工作。而民进党政府则称，经济问题是大环境所造成的，与其它一些地区如欧盟、新加坡、香港等比起来，台湾的失业问题并不太严重，经济表现也不算太糟。且在野党仗着其在立法院较多的席次，进行长期“非理性”政治杯葛，造成政治争端不断，也必须负起责任。
在两岸关系上，民进党指明国亲两党是亲中国的政党，甚至暗示两党“卖台”。民进党也批评国民党是“外来政权”，长期打压本土人士。国亲联盟则反过来批评民进党的两岸政策会为台湾带来灾难。在两岸直航的问题上，民进党持保留态度，原则上遵循李登辉主张的“戒急用忍”政策，而国亲两党则趋于赞同，认为有助经济发展。10月中旬，陈水扁在接受美国《华盛顿邮报》记者专访时称，国亲两党接受中国的“暗助”，却无法提出令人信服的证据。国亲两党对此强烈否认，并控告陈水扁，不过因陈水扁享有司法豁免权而未获受理。
在统独的问题上，国亲两党不愿公开承认、明确地支持统一并以此为选举的主要政见之一，以避免对于争取台湾本土意识选票造成不利。不过连战 2003 年10月在美国的一个智库会议上发表讲话时，却再次表示国民党的立场，即支持“一中各表”，还向在场的美国政策顾问们解释了“一中各表”的含义。但副手宋楚瑜所提出的“一中屋顶”主张，却被认为有着更为浓厚的，向中国靠拢的意味。
统独意识形态争议因台湾的省籍矛盾而更加复杂化。省籍问题是每次选举双方都会面对的敏感问题。台湾人口中，有 85％为台湾本省人，15％ 左右是 1949年随国民党撤抵台湾的“外省人”，其它还包括了少部分高山族原住民和客家人等。民进党多次指责国亲两党是外省人权贵（“复辟”旧势力）操纵的政党。而国亲两党又反过来批评民进党“玩弄”省籍问题，故意挑拨族群关系，是民粹主义。
2 月 28 日是台湾二、二八事件纪念日。民进党利用这次机会举办史上规模最大的一次群众集会活动，“手护台湾”，参与的 150万群众从南到北手牵手，喊出“支持公投”、“反对飞弹”、“中国 NO ”、“台湾 YES”等口号。国亲两党也在高雄举行“心连心”纪念活动，也有数十万群众出席。对于双方阵营在2 月 28 日以族群和解为名举行大型造势活动，多个团体和个人表示反对。由台湾社会知名人士组成的族群和解联盟就批评，两个阵营都假借族群融合制造族群仇恨，在 2月 28 日之前多次倡议双方放弃在 2、28当天举办任何活动。但这个联盟本身亦被怀疑偏袒泛蓝阵营，对其公平性表示质疑的声音也不少。
2003年 9月末，陈水扁在民进党党庆上首次提出“新宪说”，称要在 2006年“催生台湾的新宪法”，并在民进党内邀集学者专家，成立“九人制宪小组”，由台湾大学名誉教授李鸿禧担任召集人，初步研究新宪法的架构。支持台湾主权独立的人士认为“新宪说”是与李登辉提出的 2008 建国论相呼应，而民进党人士则否认新“宪法”将涉及更改国号或变更领土范围等敏感议题，但双方皆同意：现在所施行的，1947年在中国制定的这部“宪法”，已经与台湾现状脱节。“新宪说”出台后成功地使民进党获得了支持改革的形象，而国民党迫于民意也在 10 月 10 日“双十节”时宣布要在当选后修改“宪法”，完善宪政体制，但否认是由于受到陈水扁的新宪说的压力，称很早就有意修改现行的“宪法”。
2003年 10 月 25 日，民进党发动 20 万人大游行，支持公投、制新宪法。在这次游行中吕秀莲首次提出要开创台湾新时代，更改台湾的国号，使之成为一个“正常的国家”。民进党在选举中公开暴露其台独嘴脸，很多观察家认为是为了两点原因：1 ）巩固台独与本土人士选票；2 ）激起台湾民众的逆反心理，从而帮助提升民进党支持度。这在 2000 年时已有先例，当时在选举前几天，中国国务院总理朱镕基曾发表对台强硬谈话。但这次北京始终保持沉默，很少对台湾政局表示评论，而是通过美国对陈水扁施加压力，令华盛顿担心区域情势的平衡。
公投议题也相当突出。2003年 6月陈水扁提出，将兑现 2000 年“总统”大选时的承诺，在任内推动政策咨询性公投，但将不涉及敏感的政治地位等公投。但是 7月台湾“立法院”召开临时会议时，《公投法》并没有获得通过。不过陈水扁依然坚持公投，并说会以行政命令方式推动，在 2004 年总统大选前举行有关核四电厂的公民投票。国亲两党阵营指责陈水扁试图通过公投恶化两岸关系、挑拨台湾民意，从而操控选举。尽管如此，7 月的立法院临时会议上由于两个阵营无法在公投法细节上达成协议而未能立法。之后在野党就宣布反对在无法可依的情况下强行进行公投。
到 12 月，情势发生转变，泛蓝宣布不再阻挡《公投法》，使得该法顺利通过，但是却运用议事规则，限制（剥夺行政部门提出公投的权利。陈水扁称将使用《公投法》第 17 条所赋予总统的权力举行“防御性公投”，因而面对美国方面的强大压力。尽管如此，陈水扁还是在 2004 年 1月公布了两个公投题目，并表明不受国际压力影响。针对陈水扁的动作，国亲两党表示反对，宣称陈水扁的行为违法，因为他在国家主权没有变更之虞的情况下就发动公投，而且两个公投题目（是否支持要求中国大陆撤除对台飞弹，和是否支持两岸和谈）本来就已经是台湾人民的共识，没有举行公投的必要。虽然在野党表示反对，却不愿意发动拒领公投票等行为来抵制，担心这样做会影响到目前对泛蓝有利的选情，且泛蓝阵营内部，对于公投的意见也不一致。
民进党方面，则继续宣传公投的必要性。他们认为：中国以将近 500枚导弹瞄准台湾，随时有可能意图以强势武力，威胁台湾“主权独立”的现状，符合公投法第 17 条“国家主权有变更之虞”的意旨。且台湾人反对中国武力侵略的主流民意，必须透过公投，让国际上能够更明确地了解。“行政院新闻局”宣布，愿意就是否应该举行公投一事与在野或民间人士举行 10 场辩论会，但国亲两党因选举考虑表示不愿意参加。
不过到 2月 17 日，公投辩论一事发生变化，政治评论家赵少康、无党籍立委陈文茜、作家李敖、民进党前主席许信良等 5名倾泛蓝的民间“名嘴”宣布愿意与“行政院”就公投议题辩论。他们指称：公投虽然是人民的基本权力，但是这次民进党发动的公投既不合法、又没必要，人民无论投赞同或支持，实际都预设了这种他们所宣称的违法行为，唯一的抵制方法应该是拒绝领票，让公投无法达到 50％投票率的门槛，而最终无效。
还有一个颇具争议性的问题是台湾教育改革。台湾教育改革 1994 年由中央研究院院长李远哲领导规划，但是在正式实施后暴露出许多问题。其中最突出的包括：学费升高、学生压力不减反升、学生学习品质下降等。陈水扁政府被指责应该为教改失败负责，特别是在学费调涨方面。在野党批评出生“三级贫户”的陈水扁在当选后脱离了底层中低收入阶层，学费负担过重令许多学生无法进入大学。民进党则反驳，教改是在国民党政府时期就已经开始推动，因此国民党才因负全部责任。且就学费涨幅而言。
在公投议题炒作不顺利后，民进党又转而展开另一波