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嘛乌玛巴所造，密殿上方有怖畏金刚立体坛城和化身工匠乃乌琼哇所建怖畏金刚像。
色拉特钦林色（（藏文），3000人）。由大慈王释迦益西创建于土猪年。大慈法王生于蔡公塘（藏文），依止宗喀巴大师等众多圣者广习经论成为善巧，并获得能忆念前世的神通等。宗喀巴师徒往色拉寺孜（藏文）时，乃乌巴常大做供养，时释迦益西正善好侍奉宗喀巴大师，大师见《般若经》字似黄金书写，遂向其授记说：“可于此处建造寺院。”后释迦西作做为宗喀巴的代表前往内地，降下瑞雪，并治愈皇帝的疾病，因而大明皇帝于慈氏殿（藏文）封其为“大慈法王”。释迦益西在御花园侧建花园寺（藏文），弘扬宗喀巴政教。后带着《甘珠尔》印本等返藏，丰盛供养宗喀巴大师，并建色拉特钦林寺，从此似莲花吸引蜜蜂，众善巧从四方云集色拉。大慈法王的弟子有阿莫噶、帝师索南谢热等。之后，任命十难论师达杰桑波为色拉寺住持，而大慈法王自己再次前往内地，前皇之子宣德亦对法王甚为礼敬，据传大慈法王在五台山建造过一些寺院。大慈法王返回西藏途中圆寂，其遗体及三佛田等供奉于安多佐摩喀。
色拉寺的法座从达杰桑波依次为贡如堆巴·坚赞僧格、夏鲁热绛巴·扎西嘉措、拉堆巴·洛追仁钦桑波又称贡欠木正巴、乃丹巴、拉浦法王、年师贝觉伦珠、多闻贝丹洛追、娘堆哇·嘉央敦岳贝丹、尊者格敦嘉措、大学者藏巴色拉至尊曲吉坚赞、班钦·索南扎巴、赤·曲扎桑波、至尊索南嘉措、东科尔·永丹嘉措、至尊永丹嘉措、班禅·洛桑曲间、阿旺洛桑嘉措等。
色拉寺中原有五个札仓，后来其中的甲札仓（藏文）和仲登（藏文）札仓合并到色拉堆札仓（藏文），由钦波谢热嘉措、贡如曲洛、释迦桑波等任住持。色拉麦札仓（藏文）即闻思宝洲（藏文），由钦波·绛曲本又称绛曲沃色、雍巴尊桑、释迦扎西等任住持。色拉杰巴克忙札仓（藏文），由木真巴·洛追仁钦僧格、年师·贝觉伦珠、贝丹洛追、顿岳贝丹、至尊曲吉坚赞等担任住持。色拉密宗札仓原是拉藏汗做福寿法事的勾仁札仓，夏住北方，东居拉萨，后拉藏汗出资修建色拉新经堂，而原来的旧经堂成为勾仁札仓的固定活动处，以后为色拉寺的密宗札仓，住持依次为桑杰丹增、曲多杰、曲觉嘉措等。
色拉寺供奉的佛像等物，旧大经堂最里面有伏藏能仁像，及从内地迎请的？檀像为内藏，由乃乌琼哇塑造的十六罗汉降言像。护法殿内有夏鲁·列巴坚赞手制的胜魔怖畏金刚，及六臂怙主、法王、宝帐怙主、四壁怙主、天女像等，壁画中有曾向后藏军队示威的红？怙主像、鸦首怙主像，西侧内有上师像等。大经堂楼上的西侧佛殿内有以许多佛舍利为装藏的无量佛像、坚赞桑布的灵塔。大经堂的其麦贝大殿（藏文）上方有比丘尼白姆（藏文）的本尊十一面大慈观音像，据说藏于帕邦卡，由坚赞桑布获得，另有以清凉寒林的石块所造四臂怙主＇12＇、龙泥所造二能仁王像、阿底峡的牙齿为内藏的佛塔，及金银汁书写的《甘珠尔》等。强钦夏热神殿（藏文）中国有阿底峡像，以如意宝、舍利等为装藏，还有银制弥勒像及白响铜所造七大近侍，以及无量佛、能仁王仲欠玛（藏文）、辟火灾弥勒佛、白度母能言像等。郭切殿（藏文）内有能仁王像、罗汉像、《甘珠尔》、银塔。大经堂里面供弥勒三重勇识报身大金像、以甚为殊胜物做内藏，旁有近侍、二忿怒明王像等。大经堂的西侧为十地殿，东为供怖畏金刚、护法神等的神殿，另西内殿（藏文）、甘珠尔殿及各个札仓的经堂内亦供奉有许多具加持力的佛像等。特别是在转经道上有据说是阿育王所造千万宝塔之一——具加持的本巴（藏文）小塔。杰巴札仓内有用刺树所制的马头明王像，原一只脸似明王的红乌鸦隐入刺树中，遂以该树为主干塑造成大密马头明王阴阳体像，另有大吉祥金刚童橛等。
拉萨梅如地方（藏文），吐蕃赤热巴巾赞普在四境建立佛塔和僧伽组织，但朗达玛时实行禁佛而被摧毁，后来得到重建的属于梅如地方的有仲却寺（藏文）。热莫且的德玉噶丹三旦林寺（ ）的前身是噶瓦寺（藏文），赤热巴巾时在梅如东部建？如寺（藏文），在梅如南面建噶瓦、噶沃（藏文）寺，在梅如北方建章康（藏文）、章康后寺（藏文），成立僧伽组织。后来噶瓦寺由蔡巴万户长噶德桑波迁移到热莫且，并于寺内建四供施院（藏文），称为“德玉”。德玉寺的住持与梅如寺的住持同由一人担任，后来德玉寺法嗣中断。
拉萨药王山有医学院，山后有一禅房，据说是莲花生的。
帕邦卡（藏文），最早是颂赞干布的修地和“七试人”等的住地。朗达玛禁佛后，一段时期内寺院不存。后来，格西扎益巴重建帕邦卡寺，但从第七任住持起开始衰落。法王八思巴统治西藏时，帕邦卡寺又得到恢复。“土猪年战争”时复为衰败，后由大乘法王再度重建，继尊者德勒尼玛建立僧伽部，但因西藏内乱，帕邦卡寺未能得到发展。之后从第十饶迥的土羊年起昆师·贝觉伦珠使帕邦卡寺得以复兴 。
桑浦乃乌妥寺（藏文），俄·勒巴喜饶建。现今寺中有格鲁派的四个札仓和萨迦派的七个札仓，全寺住持依次为谢热多杰、译师罗丹喜饶（在位七年）、香策邦·曲吉喇嘛（在位32年）、年巴日里（在位2年）、南培巴（在位8年）、恰巴·曲吉僧格（在位18年）、孜旺僧（在位5年）、藏·嘉央僧格（在为13年）、涅·代巴桑波（在位7年）9、嘉赞乃（在位7年），因嘉央僧格和代巴桑波二人不和，使寺院分裂成上、下二寺。上寺自嘉央僧格后，由宣敦舍波等担任住持，下寺自嘉赞乃后，由桑哇达沃等担任住持。桑浦上寺内有涅钦仁散巴的贝色（藏文）和尼玛塘（藏文）二札仓，及达波（藏文）、酷库贝哇（藏文）、南加色康（藏文）札仓，共为五札仓。桑浦下寺中有新、旧卓（藏文）札仓、娘若（藏文）、乃郭哇（藏文）及上、下院、玉巴（藏文）札仓，共计七札仓。属于格鲁派的有四札仓，其中之一是上院，当阿阇梨僧格日温在桑浦寺主持讲闻时，宗喀巴大师曾以四论参加游学辩经。僧格日温后由宗喀巴和绒敦的弟子钦热扎桑任住持。继为生于札且哇（藏文）的永丹嘉措（帕沃），因其弟子崇敬宗喀巴大师，受到部分寺僧的责难，其等遂于下院的上方用石头建庭院围墙，在里面讲授和学习贾曹杰等人的著作，因而被称为上院（藏文）。而原来的学院被称为下院，守持萨迦教派，以讲闻绒敦的著作为主。上院（300人）的上师由班钦·却拉沃色、丹巴坚赞等担任，现今上院僧众除夏座期间外，一般住于聂塘德瓦坚（藏文）等处。见色札仓（80人）由涅郭·仁钦桑珠、菩萨热振巴·释迦索南等任上师，尼玛塘仓由丹玛·洛追嘉措、涅钦·谢热嘉措等担任上师。娘若札仓的上师传承在噶丹寺部分已有叙述。
蔡贡塘曲科林寺（藏文），《传授口诀》（藏文）中授记云：“在此比方边鄙地，名蔡塘沙滩处（藏文），出现称为‘无生’者，建造吾之大身像。”预言所指的喇嘛香玉扎巴·尊珠扎生于吉雪蔡巴止（藏文），据说是阿弥陀佛的化身。他起初做了许多放咒、与人争斗之事，后从珠卡哇等受比丘戒，拜见噶洛、达波关巴·慈成宁波、俄·多德、玛叶把等大德，求修持教言而证悟“无生”，成为达波噶举的大成就师，于蔡地创建寺院，弘扬佛法。喇嘛香有称为“四光”的桑杰、热钦、南拉、日巴南沃等弟子。喇嘛香去世后，蔡羊寺（藏文）的法座从第三饶迥的木虎年起依次为宁梅·释迦益西（48岁等位，在位14年）、绛益（在位2年）、拉秋喀巴·尼玛沃（在位5年）、桑杰本（在位18年）、桑杰宁波（在位7年）、桑杰宣尼（在位23年）、色康登巴·贡噶坚赞（在位33年）、桑仁波且（在位9年）、释迦本（在位10年）、绛曲贝桑（在位47年）、敬俄·扎巴谢宁（在位24年）等，现今蔡羊寺成为僧衣俗人（藏文）的居第＇13＇。在土官桑杰安珠之子本仁加（藏文）时期，受到忽必烈汗的封赐，命其管理蔡巴万户，辖区包括卫地下部、吉雪曲续（藏文）以上的地区，并掌管斯康夏（藏文）等寺。仁加之子噶德在卫林（藏文）建密宗学院（100人），历任上师有曲加、贡洛、绛加等，又建讲说显宗的曲科林寺，此寺现今已同斯康夏巴寺合并。之后，斯徒仲钦·贡噶多杰或名格洛主政时，誉称为“蔡时期”（藏文）。继归大司徒绛曲坚赞统治，其建日喀乃乌（藏文）。仁桑巴执政时被称为“乃时期”（藏文），仁桑巴的后裔曾做过宗喀巴大师的施主。
恰浦扎寺（（ ）40人），据传是由鲁梅的弟子释迦旺创建。列扎寺（（藏文）20人），久关巴的弟子桑杰本建，其子桑杰绝丹巴建列布寺（（藏文）40人）。另有班禅·洛桑曲吉坚赞的扎西郡（（藏文）154人）、郎热甲（藏文）诸寺，及曲赤洛久（藏文）、香玉扎巴（藏文）的止甲盖布郭寺（（藏文）17人）和岗寺（（藏文）17人）。梅叶建的叶尔巴贝噶寺（藏文）和卓卡寺（藏文）等，现已成为僧衣俗人的居地。除上述寺院外，尚有一些尼姑寺。
堆隆地区（藏文），噶瓦栋寺（（藏文）80人），修波谢热建，现为僧衣俗人的居地觉木隆寺（（藏文）332人），特玛巴多杰宣尼的大弟子贝底·扎坚旺秋慈成建，出现过善好的戒律讲院，至尊宗喀巴的上师噶玉洛色的侄子曲加贝桑时期改宗为格鲁派。后觉木隆寺的讲闻稍有衰败，达隆扎巴·洛坚前去担任上师而光大讲闻。寺内有群巴（藏文）、浦康（藏文）、法相三札仓。
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