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可靠的真理，其他一切原理都可以从它推导出来。
就这样，笛卡尔通过批判的怀疑方法，找到了第一个无可怀疑的东西：“我”。这个“我”并非肉体之“我”
，而是思维者之“我”
，是独立自存的精神性实体——心灵，其本质就是思想。事实上，这个“我”就是作为认识者的主体，也即与对象客体相对应的人的自我意识。笛卡尔将自我从客体世界中独立出来，并把这个主体作为与客体对立的哲学与认识的出发点，这种做法对于以认识论为主题的近代认识论是具有重大意义的，难怪人们毫不犹豫地将笛卡尔视为近代哲学之父。
接着，笛卡尔便从第一原理中推论出上帝。
既然“我”
会怀疑，那就证明“我”是不完满的，因为怀疑意味着认识不足，即不完满性。但“我”心中却清楚明白地感到有一个全知全能无限完满的上帝观念，它从何而来？绝不可能从不完全的“我”
（即心灵）中产生，所以上帝观念必然来自“我”
之外的一个完满的实体——上帝。因此，上帝必定存在。于
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是，上帝成了笛卡尔所证明和推出的第二个不可怀疑的实体。
这个证明其实只是中世纪实在论者安瑟伦本体论证明的一个翻版。
然后，借助于上帝的帮助，笛卡尔进一步演绎出物质世界的存在。
“我”的认识能力既然是上帝赋予的，那么它就决不会欺骗我；只要“我”的观念清楚明白，它就必定真实可靠；因为“我”清楚明白地意识到外界物质对象的观念，所以物质对象一定存在。
现在，我们有了构成世界一切事物的三个实体：上帝、物质和心灵，它们都是笛卡尔从普遍的怀疑、用清楚明白的原则推导出来的。
笛卡尔就这样通过理性的思辨和逻辑的演绎，从主体自我这一认识论思路出发，去解释世界的存在，一步步构成了他的形而上学世界。
但是，这个世界体系一开始就存在着分裂。
根据笛卡尔，物质与心灵各自独立、互相平行，谁也不决定谁。这首先就导致了一个无法解决的理论困境：怎么解释心灵与肉体相互协调的事实？例如，为什么脑子想去吃饭，身体却不会跑去踢球？一个人怒火满腔时，就不可能满口甜言蜜语？为解决心体协调的问题，笛卡尔绞尽脑汁，想出了一个办法：灵魂位于大脑的“松果腺”中，当其受到外物震动时，灵魂固有的知觉就出现，并使肉体有适应的反应。这实际上就承认了灵魂与肉体有一定的联系，变得自相矛盾了。后来，笛卡尔的追随者们设计了一个更为精致的理论—“两钟并行论”
：精神和肉体就像两个走时一样准确的钟那样，由上帝上紧发条，各自走着独立平行的路。但人们自然会追问：上帝既然那么
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全能，为什么会弄出这样一套笨拙的东西，而不是将二者合并为一？
难道上帝有意捉弄人才这么干的吗？
无论怎么说，笛卡尔无法解决他提出来的这一套精神与物质的二元论，只好搬出上帝来调停二者的矛盾，填平心灵与肉体的鸿沟。但这样一来，他就回到了神学的怀抱中去了。
依赖上帝，这对笛卡尔来说，不仅是出乎理论的要求，而且也是基于心理的需要。生性胆小谨慎的笛卡尔，从军队退役后，只回巴黎住了两年，就发现这个国家令人窒息的气氛不适宜他的思想，转而迁往较为自由的荷兰，一住就是２１年。
他曾写下一部重要的物理学著作，书中完全抛开了上帝，采纳哥白尼的学说，用机械唯物论的方法去讨论物质世界。可是，当他知道１６１６年伽利略被教廷秘密审判以后，眼前似乎又浮现起布鲁诺被活活烧死的情景，终于决定将书稿藏而不露。因此，他之捧出上帝，也许是为了逃避迫害而不得不披上的一件保护性的神学外衣。况且，他的上帝是在认识论的基础上、从自我出发、通过理性推导而来的，它作为他的唯理主义认识论的一个必要的理念基础和终极原理，也是一种理论的需要，它仿佛是那个人再不能言说的那个思维的极限，那个人类把所有未知的东西都往它身上推的空箱子。
当然，我们不必为笛卡尔的有神论作辩护，因为在当时，就像我们今天相信人都有祖先一样，信奉上帝乃是一件及其自然的事，像霍布斯那样极端的无神论思想家是绝无仅有的，大物理学家牛顿，在他的机械论宇宙中也恭敬地将上帝尊奉为“第一推动者”。培根和洛克都是虔诚的教徒，也是二重真理的信奉者。
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笛卡尔关于心灵与物质为各自独立的实体的观念，加剧了由希腊哲学家柏拉图所引发的二元论。这种理性化的形而上学与中世纪的经院哲学不可同日而语。经院哲学将理性看作信仰的附庸，用理性来证明上帝，从而建立神学的世界观。
笛卡尔则将这一切颠倒了过来，用理性的怀疑彻底推倒经院哲学的旧建筑，然后从思维者主体——即理性的自我意识中推引出整个世界及其上帝。
这样一种理性形而上学的方法，深刻地影响了近代哲学。在认识论中，笛卡尔也贯彻了他的理性第一的原则。
在火炉旁得出“我思故我在”结论的笛卡尔，此时端来了一盆蜂蜡，对着它出神。
感觉告诉我，它有特定的味道、气味、颜色和形态，它较脆硬又易于摆弄。可是，当我用火来烤它时，它立刻就融化流动，然后冷凝成与刚才很不相同的形状。不过，我知道虽然它已面目全非，但它仍然是原来的那一块蜂蜡。为什么？感觉已经告诉我它早已发生变化，而我却认定它根本没变，可见使我作出这一确认不是感觉，而只能是我的思维。换言之，是我的理性知道蜂蜡之所以为蜂蜡的本质。因此我能够排除感觉的干扰，坚持正确的认识。
从这个例子，笛卡尔引申了他的唯理主义认识论。与经验论相反，笛卡尔认识，感觉经验不能了解事物的真相，时常还会骗人，因而没有可靠性。
只有理性的认识才是可靠的，通过理性直观和演绎推理，人就能获得真实可靠的认识。人心天生具有一些不证自明、清楚明白的“天赋观念”
，例如像“平面上两直线不相交必平行”这样一些几何公理，像“全体大于部分”这类数学原理，像“甲不是非甲”这种逻辑规律，
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以及像上帝观念等等。人们通过理性的直观而非感觉经验发现这些天赋观念，并使它们成为进行演绎推理的前提和出发点，从中推演出一切真实可靠的知识，建立起全部知识大厦。
当然，笛卡尔并不把一切观念看成天赋的。他将观念分成三类：第一是由感觉从外界对象获得的外来观念，其可靠性不高；第二是人造的观念，如美人鱼、飞马；第三类是天赋观念，最为可靠。
如同他的形而上学存在着物质与精神的二元对立一样，在认识论上，笛卡尔也碰到理性认识如何与经验存在相适应的问题，由天赋观念得来的认识如何能应用于经验世界的问题。在这里，他又不得不求助于上帝：上帝一方面把规律建立于自然之中，另一方面又把它们的概念印人人的心灵，当我们认识了它们，也就同时理解了自然的规律。这又是一种平行论的论调，即认为自然（经验）系列与理性系列相互平行、不谋而合。
这是二元论所导致的一个必然的理论结局，从中透露出一种独断主义的味道。因为人们自然会问：为什么两个毫不相关的领域竟会步调一致、相互趋同呢？笛卡尔只能武断地答道：“那是上帝要这么干的！”
由怀疑到独断，这是笛卡尔哲学所走过的思路历程。当所有的一切都遭到怀疑否定之后，眼前就只剩下一片空白，这时，要在这片空白之区树立起任何东西来，都只能靠一种独断专行。笛卡尔正是这么做的：由普遍的怀疑到“我思故我在”
，那个作为思维者的“我”便是一个不依赖任何条件而独立存在的东西，甚至连承担起思维活动的大脑和身体都可以不要。这还不够武断吗？同时，片面否定感觉经验，任意夸
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大理性认识，也使笛卡尔陷入某种先验论的武断之中。无可否认，笛卡尔要求人们凭借理性、独立思考，意识到感性认识的局限性，而提倡理性演绎法，以取得普遍必然的知识，这对于反对经院哲学所宣扬的信仰主义和蒙昧主义，对于当时科学文化的发展，尤其对数学和演绎逻辑的发展起了促进作用。
另一方面，正如英国经验论继承了中世纪唯名论传统，突出个别实在，否认一般的客观实在性，强调感觉经验在认识中的根本作用那样；笛卡尔首倡的唯理论也与实在论有千丝万缕的联系。唯理论因为感觉经验的个别性而轻视它，转而强调理性所把握的一般共相，以为通过理性直观和理性演绎，可以获得关于世界的普遍必然的认识。
唯理也就是理性唯一、唯上的意思，笛卡尔提倡的理性至上主义，可以说是一把双刃剑，一面用于砍劈经院哲学的蒙昧迷信，一面拿来抵挡经验论的经验至上论。与经验论相对悲观的知识论相反，唯理论对人类知识表现出极度的乐观情绪，似乎只要努力发掘自己心中的“天赋观念”
，人就可以一步登天，走上通往终极真理的康庄大道。
这种盲目乐观与唯理论的思想独断相映成趣，并始终随着它。
笛卡尔的几部重要著作《方法谈》、《形而上学的沉思》和《哲学原理》等，都是在荷兰定居期间发表的。这些作品使