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托马斯·索维尔曾经慨叹达尔文的伟大，说，“达尔文不仅是生物学上的，更是人类思想发展史上的一个界标”7。达尔文之所以伟大，是因为他几乎是第一个有完善的能力、可以用跨越长达几百万年的时间跨度、并彻底摆脱“个体感知”的局限去“正确地思考”问题的人；也因此使得后来无数的人可以“站在巨人的肩膀上”，建立并完善一个突破人类个体局限的系统的思考方法“科学方法”（Scientific Methods）。
1859年11月24日，在经过二十年小心谨慎的准备之后，达尔文出版了《物种起源》。第一版印了一千二百五十本，在一天之内销售一空。然而，这并不意味着达尔文“胜利”了，宗教“失败”了
达尔文逝世后的第43年，《物种起源》问世的第66年后，即，1925年，美国田纳西州的一位中学教师约翰…斯科普斯，因在课堂上讲解达尔文进化论的被告，被拉进了法庭，推上了审判台，最后被处以90美元的罚款这就是历史上著名的“猿猴诉讼案”（The Scopes Case， also called “monkey trial”）8。
尽管“猿猴诉讼案”的判决只限于田纳西州，但，直到1968年，美国高级法院才根据《第一修正案》判决，学校可以讲授进化论，因为这是科学。
1987年，一起来自路易斯安那州的案件使得争议再起。最终高级法院判定，“要求学校在讲授进化论的同时必须允许讲授神创论”是违宪的。
1999年，堪萨斯州教育委员会投票决定从标准化考试中剔除作为考试科目的进化论。有些专家认为，这是个非常有效的阻止教师讲授进化论的方法，因为学生不用被考到进化论了。
阿拉巴马的教科书上，印着这样的声明：“进化论是某些科学家相信的学说，而非事实。”
在明尼苏达，一位认为神创论是确凿的科学的老师因在课堂上发表对进化论的批评而被劝退。这位老师将学校告上了法庭。
2005年12月20日，美国宾夕法尼亚州联邦地区法院作出裁决，认为生物由某种高智能设计师所设计而成的“智慧设计”论系宗教理念，在公立学校科学课上讲授该理论则违反了美国宪法第一修正案。
大多数关于这个话题的文章，总是从宗教和科学相互对立的前提出发，力图用这些事件证明宗教实力的庞大和邪恶。对于宗教本身，我有我自己的理解和看法，但是即便我个人是个所谓的“没有信仰的人”，我也不会反对“信仰自由”；同时也不应该，也做不到去强迫任何人放弃信仰。
事实上，宗教和科学并不一定对立。如果宗教和科学是彻底对立的话，那就没办法合理解释这样一个事实了：哥白尼、伽利略、达尔文、牛顿等等众多的巨人都是有坚定的宗教信仰的。事实上直到今天为止，这地球上毫无疑问还有很多科学家依然有着很坚定的宗教信仰尽管我们很难有办法获得一个确切的百分比统计数字。
与科学一样，宗教也是人们用来“思考”这个世界、“解释”这个世界的工具，只不过，在解释物理世界方面（比如，生命的起源，天体运转的机理），现代科学已经逐步地替代了宗教。今天的宗教势力依然庞大，只是宗教的重心已经转移到另外一个更需要它的方面去了精神世界（也许应该相当于我们常常提到的“ 精神文明”）。
在“进化论”和“神创论”（以及“神创论”的变体“智能设计论”，又称“神力设计论”）至今的持续争议中，争论双方都是对自己的看法确信无疑的。而真正关键的区别在于，达尔文的支持者，如果确实是在理解透了之后坚定地支持的话，都是有能力运用心智的力量摆脱自身感知的局限的人。而达尔文的反对者，是那些心智力量尚未发达到可以用来摆脱自身感知的局限的人，他们无法正确地理解并完整地运用新的思考工具科学方法论去思考问题，甚至并未意识到自己恰恰是因为这个原因而拒绝科学。
今天，与创世说的观点相反，严肃的科学杂志没有过否定进化的报导。上世纪 90年代中期，美国华盛顿大学的 George W。 Gilchrist 调查了列入原始文献的数千种期刊，想要找到关于“神力设计”或创世说的文章。他查遍了数十万个的科学报告，也没有发现一篇关于创世说的报告。后来，由东南路易斯大学的 Barbara Forrest和凯斯西部保留地大学的 Lawrence M。 Krauss用了几年的时间分别独立进行了同样的调查，结果也是无功而返9。可以说，今天的所有严肃的科学家都应该是相信并能够理解进化论的，尽管他们同样可能有严肃的宗教信仰。
我们知道，我们每个人内心都充满了恐惧，所有的恐惧其实都源自于我们害怕未知。于是，恐惧是永恒的，因为我们永远不可能什么都知道。托马斯索维尔的类比特别精巧。他说，在茫茫而又无限的未知空间里，我们的“知识”只不过像其中的星球一样，而星球与星球之间的空隙要不知道比那些星球本身大出多少倍。所以，我们需要“信仰”、“希望”、“爱”、“奇迹”，甚至子不语之“怪力乱神”10等等被学者们称为“必要之幻觉”（necessary fiction）之类的东西去填补这些空隙才感觉心安理得。
所以说，去讨论很多人热衷于讨论的关于“爱因斯坦的宗教信仰究竟是怎样的”，或者“爱因斯坦究竟有没有宗教信仰”是没多大意义的事情。因为，即便是爱因斯坦也会心存恐惧或者说敬畏。因为他跟所有的人一样，也要面对未知即便他知道得比所有其他与他同时代的人都多得多，然而，他所知道的一切，与对他来讲未知的一切来比，只不过是汪洋中的一个水分子而已。所以，即便他有信仰也并不令人惊讶；就算他有信仰，信奉的也肯定不是那些拒绝科学的人所信奉的神。
人类要是不会阅读，不会记录，不会表达，不会思考，会是什么样子呢？下面这个故事流传颇广11 ：
把五只猴子关在一个笼子里，上头挂着一串香蕉。实验人员准备了开水，一旦有猴子碰香蕉，马上就会有滚烫的开水浇向那只猴子。首先有只猴子想去拿香蕉，被开水烫，之后每只猴子在几次同样的尝试后，发现莫不如此。于是猴子们不再试图去拿香蕉。
然后实验人员把其中的一只猴子换走，换进去一只新猴子。这只新猴子看到香蕉，当然马上想要去拿。结果，还没等科学家浇水，其他四只猴子就对那新来的猴子一顿暴打。新猴子挨了几次打之后，也不再试图去拿香蕉了怕再挨打。
此后，实验人员再把另一只猴子换走，换进去另外一只新猴子。这只新猴子看到香蕉，也是迫不及待要去拿，当然，一切如前，等待它的是其他四只猴子的一顿暴打。于是，这只新来的猴子也不敢碰香蕉了。
最好玩的是，上次挨打的猴子，这次出手最重。（其他的猴子也许出于爱护，这只猴子肯定是出于报复因为）尽管它并没有被开水浇过。
最终，笼子里最初的五只猴子都被换走了。现在的这五只猴子并不知道开水的存在，它们只知道一件事情谁要敢碰那串香蕉，上去就是一顿暴打。（它们的行为与爱护无关，全都是出于报复！）
这个故事据说可以说明传统是如何形成的。事实上，这个实验只能部分说明某些荒谬的传统是如何形成的。很多今天看起来没什么道理的传统，当初可确实曾经正确或者曾经最接近正确。这个故事真正可以让我们看到的是，对于知识的正确传播来讲，语言和文字以及逻辑思维有多么的重要。暂时不讨论这个故事的真实性，让我们继续联想：如果，猴子们可以讲话，那么就不用动手打了。如果，猴子们会写字，无论换多少次，换多少只，新来的猴子都不用挨打更不会无辜地被打。如果，猴子们竟然能完整地使用逻辑，或许它们最终会想出办法躲开开水吃掉香蕉，并且甚至可能会因此对那些做实验的人心存鄙视。
讲到文字的重要，忍不住多花些篇幅，冒着被认为是过于啰唆的危险，再插入一个例子。以下是电影《基督山伯爵》的一个片段，这一小段，看过无数遍，每次都让我满身鸡皮疙瘩。
身陷大牢里的爱德蒙唐太斯终于见到挖了六年却不幸挖到另外一个牢房的法利亚神甫。
后来，法利亚神甫要求爱德蒙帮他挖地道：In return for you help， I offer something priceless…
… My freedom？ 爱德蒙的眼睛一下子亮了。
Freedom can be taken away。 法利亚神甫颇有些不屑，接着说道：As you well know， I offer knowledge， everything I have learned， I will teach you economics， mathematics， philosophy， science…
爱德蒙忽然又发现了值得自己兴奋的东西：… to read and write？
利亚神甫愣了一下，发现这是个大字不识一个的家伙，颇有些无奈：… of course。
爱德蒙根本无法拒绝了：When do we start？
因为没有足够精巧的语言，也没有可以使用的文字，所以那些猴子不可能进行有效的交流和讨论。于是，猴子不大可能有机会发展出完整的逻辑思维能力，更不用说“科学地思考”。所以，猴子们最终都不可能搞清楚香蕉和开水是什么关系，只是得到了一