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因陈友谅和朱元璋之间的形势发生改变，张士诚开始苏醒，他迅速派兵包围太湖东南方向的长兴，诱使常遇春前去救援。
明军一面要制止张士诚，一面要看住陈友谅，同时还要拿下江西，这一举动战线太长，非常危险。
1361年底，邓俞攻占了抚州，接着汉军的南昌指挥官、行省丞相胡美要求议和，他的要求是：他的部队加入明军，但建制不变，他的队伍仍由他自己率领。
朱元璋同意这个条件，不过他要求胡美即刻放弃南昌，并要求胡美去明军主力部队中服役。
胡美与朱元璋达成共识，但他没能说服他的部下，胡美本人后来于大明建朝后被封爵。
1362年2月，朱元璋主力部队开进南昌，他实际上接掌了陈友谅在江西的政治地位，也顺利接过了这里的主宰大权。
朱元璋离开南京已经太久，他没有时间去整合陈友谅投降部队的军务，还有各个城市戍军之间的强制改组，这是他统一明军之后必须要做的事情。
1362年3月，朱元璋返航南京。
浙江内陆被大将胡大海牢牢掌握在手中，但一些苗族的非正规军开始不安分，这批部队在明军攻占浙江之前就在元军中服役，后头都集中守在金华和处州。
朱元璋远在长江上游，这时候苗军内部开始互通消息，准备叛乱。
1362年3月3日，守在金华的苗军开始骚动，他们杀了明军将领胡大海。四天之后，处州的苗军也开始效仿，他们杀了城防守将耿再成。
或许苗军是受了吴军的挑唆和支持，在朱元璋回南京的时候，他在浙江的政权已经岌岌可危了。
回了南京之后，朱元璋令他的外甥李文忠为浙江明军大都督，李文忠夺回金华，但这批苗军已经从原阵地逃走，奔向了张士诚的部队。
张士诚派他的兄弟张士信统领大军攻打诸全，诸全是明军在浙江的外围堡垒，外有入侵，内有叛乱，李文忠单枪匹马驻守金华。李文忠用了心计，他放出假的风声，说邵荣即将支援诸全。
朱元璋正令大将邵荣出兵收复处州，邵荣是明军中最高将领，其地位甚至高于徐达与常遇春，其时，邵荣正奔赴处州，而李文忠也不可能得到邵荣的支援。
李文忠请胡德信和他的广信军驰援，但张士信和他的部下被邵荣极其难缠的名声扰乱了军心，后头张士信被诸全的守军和援军夹攻打败，而邵荣也在这时候收复了处州。
浙江的战火渐歇，江西的情况却日愈演愈烈，朱元璋带着大部队回到南京之后，他只给守在南昌的邓俞留了少量兵力，他也曾经让胡美的两位部下去长江上游支援徐达。
但在朱元璋离开南昌之后，他才恍然警觉胡美的这两个部下祝宗和康泰一直反对胡美投降，等明军大部队离开南昌城，祝宗和康泰就突袭了南昌，他们用炮火轰掉城门，并洗劫了南昌城池，守将邓俞被迫逃离南昌。
朱元璋让徐达撤离武昌，他要恢复和保持明军在江西已经胜利的地位，则只能让陈友谅在湖南湖北重塑他的武装。
1362年5月，徐达收回南昌。与此同时，常遇春修复安庆城垣，安庆重新归置于明军控制之下，并且可以保护明军的心脏位置——南京。
邵荣是朱元璋在最早起事时的老伙伴，他在明军将领中身居高位，但他并非赫赫有名。邵荣从苗人手里收复处州是他近几年来第一次独立作战的结果，当邵大将军的战功不被明军中的大部分人承认的时候，他滋生了叛逆的情绪。
邵荣与赵继祖发动政变，他们打算在朱元璋领明军回朝的时候杀了他。当天他们关上城门，准备射杀朱元璋，可惜大风刮起，朱元璋的身体被城门口一面旗帜裹住，朱元璋不喜欢这个预兆，于是换了个城门进城。
潜伏在南京城中的情报人员揭发了这两位叛将的阴谋，朱元璋征询其他将军的意见，常遇春的性格有些自大和急躁，他直接说：“该杀。”
邵荣和赵继祖被处死，从此明军的高级将领都开始各抒己见，自由发表心中意见。
1363年，陈友谅集结新的舰队卷土重来，他预备重现1360年汉军自长江溯流而下的辉煌，可惜事与愿违，这次他被围困南昌城三个月，并且他的水军在鄱阳湖被全部摧毁。
1363年10月30日，陈友谅在湖口被射杀身亡，他被箭射穿了眼睛。
明汉的决战就这样结束了，陈友谅的幼子陈理被陈友谅余部张定边带走，他在逃回武昌的时候，让陈理登上帝位。
这一仗明军俘虏汉军水师五万人，最后朱元璋携陈友谅水师舰队和战俘回到南京。
1364年，明汉胜负已分，张士诚接着就成了明军的死敌。当明军的主力部队在长江南岸四处征讨之时，张士诚心意不决，漏过了一次又一次出现的天赐良机。
等朱元璋消灭陈友谅班师回朝的时候，其他二流的武装割据政权反应各有不同，这些人包括坚决和朱元璋做对的陈有定，四川的明玉珍愿意和明政权缔结友好盟约，而方国珍则给朱元璋进贡，朱元璋在接受贡品的同时，向方国珍下发最后通牒：等明军攻占杭州，你在规定的日子内俯首称臣。
陈友谅死了，朱元璋致力于收复和吞并过去属于汉政权的土地，其中包括江西和湖广。
常遇春领兵攻下武昌，湖南湖北余下的州府闻风投降。后头杨靖镇守武昌，徐达和常遇春合力围攻庐州，左君弼逃走，在安丰与扩廓帖木儿兵合一处。
1363年，朱元璋麾下一位将领不知道自己旗下有多少人马，朱元璋因此而生气。
次年，也就是公元1364年，朱元璋开始推行一种全新的标准的军队编制表，他将过去野战军中各翼元帅府改称为‘卫’。‘卫’的编制为五千人，再分成一千人一组的千户所，千户所再拆分成百人一组的百户所。
部队指挥官都要放弃原有的称呼和荣誉爵位，现在的人马统一接受新的军衔。朱元璋明确允许卫以下的军衔世袭，军户世袭制同时也承袭了元代的兵制。
1364年明军改制，在明军中服役的老兵，即朱元璋在攻打陈友谅的时候亲自带领过的主力士兵被分派成17个卫，这个集团的老兵被准许可以完全退休。其他部队的人则被派去南京地区搞军屯，明军在春天里进行休整或劳动。在此之后，朱元璋本人不再负责具体的军事指挥工作。
长江流域的各方势力此消彼长，北方的民兵元帅们也出现了新旧交替。元政权默许的最大的割据军团首脑察罕帖木儿死亡，他的侄子扩廓帖木儿整合了他的势力强势兴起。
1367年11月，朱元璋发布同时南征和北战的指令，徐达和常遇春合作带领二十五万大军去征服北方，而胡美带军进入福建，汤和与廖永忠带水师沿海岸南驰，从海上进攻福建和广东。
胡美水军开抵福州，陈有定投降，明官军完全拿下福建。
随后廖永忠和朱亮祖将大部分水军继续南开，他们开抵广州，为元军镇守广州十余年的将领何真投降。
接着是广西，两个月之后，广西全线投降。
在北方，徐达和常遇春先下济南，后是洛阳，民兵组织扩廓帖木儿的队伍战败就撤退了，但元政府军的抵抗很顽强，元军强势的抵抗在这时候失去了作用，明军势如破竹，冯胜拿下潼关。
公元1368年，正月初四，朱元璋正式称帝，国号‘明’。
这一年，也就是洪武元年，明军占领大都，元亡。元顺帝逃往上都，史称“北元”。而公元1367年被称为“吴元年”，朱元璋是在向其他人表示，这个时代需要一位新的皇帝。
朱元璋称帝之后，他需要建立一个允许经济运转的和属于和平时期的经济体制，他还需要组织一个有效的文官政府来解决复杂的国家问题。
明帝国已经有了继承中国悠久传统的政体，但朱元璋在某种程度上继承了元统治者穷兵黩武和世袭制的世界观，明王朝后期还需要对儒家让步，及对文人士子乡绅这些社会精英阶层做出让步。
洪武二年，朱元璋建立官学制度，洪武三年，朱元璋重开科举考试。
洪武二年，大将军常遇春去世。
洪武三年，朱元璋为他的三十四名将领们封爵，这些人都帮助或者说他们合力成就了朱元璋建立大明王朝的盛大功业。
获封受赏的人都是朱元璋在内战时期的功勋将领，朱元璋最早的二十四个伙伴中还有二十位幸存者，其中六位获封公爵，十四位获封侯爵。被赐爵位者中还有来自敌军的归顺者，例如胡美。
洪武五年，明使以朱元璋继位告知琉球中山国，中山国遣使入朝，与明建交。
同是洪武五年，春，征虏大将军徐达领兵穿越戈壁远征蒙古，他与蒙古政权下最大的武装势力扩廓帖木儿的大军在外蒙古相遇并展开决战，但这次徐达的远征遭到惨败，明军损失“无虑数千万”。
战败之后，大明被迫接受与蒙古人的军事对峙，明军也与蒙古政权开始了永久的边境保卫战。而大明军队与蒙古部落的边境斗争在后来几乎贯穿了整个大明王朝，蒙古政权也似乎从未被大明统治者彻底征服过。
洪武五年之前，明军又征服了三个省，山西、陕西和四川。四川是明朝获得的最后一块领土，明军对四川的征服并没有使他们在西南开创个新的安稳的时代，相反的是，明军后头对西部和南部地区的非汉族的其他民族开展了一系列绥靖战役。
洪武五年，因徐达战败，朱元璋的雄心在这场惨败的战役中受到抑制，他放弃了他曾经试图争夺整个外蒙古地域的宏图霸业与远大构想。
同年，洪武皇帝不再主要关心军事问题，他过去准备征服整个元帝国的军事理念开始收缩，明王朝对蒙古的军事行动开始采�