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由于《开宝新详定本草》修纂仓促，质量不能尽如人意。次年，宋太祖再次诏命刘翰马志等人重新修订。这次修订对原书“颇有增损”。最后由园林学士李昉、知制诰王祐、扈蒙等重加校勘，成书后全书合目录共21卷，命名为《开宝重定之本草》又简称《开宝本草》（《开宝本草》实际上包括《开宝本草》和《开宝重定本草》二书，现多指后者）。全书共收载药物984种，其中新增药134种，它对时过300余年的唐《新修本草》在编纂和传抄中出现的谬误进行了修订。《开宝本草》还重视吸收其它本草著作的精华，在新增的134种药物中，近百种都是从前代诸本草著作中筛选而来，如蛤蚧出自《雷公炮灸论》，仙茅出自《海药本草》。
《开宝本草》编纂者成功地制定了严谨的体例，这一体例为宋代其它官修本草著作所继承。首先是首次采用黑白字来代替朱墨分书，《开宝本草》之前的本草著作为《神农本草经》内容用朱笔抄写。《名医别录》用墨笔抄写，年久多易混淆；《开宝本草》改《神农本草经》为白字（阴文），其它为黑字（阳文），清晰醒目。其次，用不同简称标明文字出处：如以“唐附”表示《新修本草》新增药，以“今附”表示《开宝本草》新增药，以“陶隐居”为《本草经集注》注文，以“唐本注”为《新修本草》注。而《开宝本草》编纂者，根据文献资料所作的注文，则冠以“今按”，根据当时药物知识作的注文冠以“今注”。这一体例规定，为保存古本草文献作出了重大贡献，其严谨求实之风足堪称道。
（二）《嘉祐本草》和《图经本草》：
时隔八十年之后，随着药物学的发展，《开宝本草》已落后于时代，“本草旧本经注中，载注药物功状，甚有蔬略不备处。”嘉祐二年（1057）校正医书局，成立伊始最早承担的任务就是校修《开宝本草》，主要参与者有太常少卿直集贤院掌禹锡、职方员外郎秘阁校理林亿、殿中亟秘阁校理张洞、殿中亟馆阁校理苏颂、医官秦宗右、朱有章、太子今舍陈检等。最后由光禄寺丞高保衡负责审校。历时三年，于嘉祐五年（1060）八月书成，命名为《嘉祐补注神农本草》，简称《嘉祐本草》。在该书编纂过程中掌禹锡等又奏请仿唐故事，编纂《图经本草》得到诏准，二书同时编修而各有分工。《嘉祐本草》在《开宝本草）基础上拾遗补阙，仿《新修本草图经》辨别诸药。为了编绘《图经本革》宋仁宗敕令全国各郡县进献药物标本，举凡药物根、茎、苗、叶、花、实之形色大小，并虫、鸟、兽、玉石等等堪入药者，逐件画图，且一一注明开花、结实、收采时间，以及功效等等。
至于进口药物，即询问市舶药商，并取药物各一二两，或一二枚封角送至京城，以作编绘注解之凭据。这是继唐代之后又一次全国范围内所进行的规模浩大的药物普查。将搜集到的涉及150多个州郡所产药物和外来药物的标本、实物图形及文字说明，分类甄别编次整理，历时三年，于嘉祐六年（1061）撰成图文并茂的《图经本草》一书。因考虑到“出异手则其体不一”故《图经本草》实际上是由苏颂一人执笔完成的。《嘉祐本草》20卷，目录1卷，收载药物1082种，其中新补82种，新定17种。在编纂过程中，掌禹锡等参考了大量文献资科，引文涉及书籍达50余种，大大超过了《开宝本草》。除继承《开宝本草》旧有体例外，掌禹锡等把自家从历代文献中摘录补入该书者标为“新补”，把民间采集到的新药物标为“新定”，由掌禹锡等自家注说的内容则冠之以“臣禹锡等谨按”。《嘉祐本草》新增内容多为《开宝本草》的遗漏部分或历代本草编修中的某些问题的讨论，而缺少药性理论方面的阐发，这与校正医书局以校勘补遗为宗旨的原则是一致的。《图经本草》20卷，共载药物780，并在635种药名之下绘制了933幅药图，这是我国第一部板刻印刷的药物图谱，该书还详细介绍了药物的产地、形态、性味、功效等，并记载了大量临床经验，其中尤其注重当时异间及民族他帮的用药经验。《嘉祐本草》与《图经本草》二书相辅相成，互为补充，把宋代本草研究推向一个新的高度。
（三）《重广补注神农本草并图经》和《经史证类备急本草》：
在《嘉祐本草》之后，宋代药学史上出现了两部重要的由民间医生编撰的综合性本草，一是陈承的《重广补注神农本草并图经》；一是唐慎微的《经史证类备急本草》。把《嘉祐本草》与《图经本草》二书原有资料合并，增加自己收集的内容。
（四）《大观本草》与《政和本草》：
《证类本草》问世不久，北宋先后出现了两个重要版本，一为《大观本草》，一为《政和本草》，唐慎微书成之后，或因为无资刊行，“其书不传，世罕百焉。”大观初年，集贤院学士孙觌见到《证类本草》一书，颇为喜爱，命所属官员校正，由通仕郎行仁和县尉管勾学事艾晟作序，然后出资募集刻工镂板刊行，以求“其利于世也。”因首刊于大观二年（1108），被后世称为《经史证类大观本草》，简称《大观本草》。《大观本草）中收录了陈承的《重广补注神农本草并图经》有关内容，并冠以“别说”以为标记。《大现本草》问世不久宋徽宗十分赞赏，并敕命医官曹孝忠领衔校勘，曹孝忠等人刊正。于政和六年（1116）成书，命名为《政和新修经史证类备用本草》，简称《政和本草》，这以北宋最后一部官修本草著作，它不同于开宝、嘉祐时的官修本草著作以前次官修本为基础，而是在纯由民间医家个人著作基础上校订而成。它虽源于唐慎微个人之作，但经政府校订颁行，就具有了药典性质。
（五）《绍兴本草》：
宋朝南迁，高宗绍兴年间，由王继先领衔、张孝直、柴源、高绍功等奉诏重修本草，以《大观本草》为底本，进行整理校勘。绍兴27年（1157）8月25日上于朝廷，由秘书省润色，国子监刊行，绍兴29年为该书刊行时间。书成，命名为《绍兴校定经史证类备急本草》，简称《绍兴本草》，是为南宋唯一的也是宋代最后一部药典性本草著作。该书为32卷，释言1卷，共载药物1748种，新添6种，如炉甘石、锡蔺脂、豌豆、胡萝卜、香菜、银杏等即为《绍兴本草》新增药物，该书虽不如《嘉祐本草》等以文献校正见长，但能根据临床实践和实际观察补充更正，亦颇有见地。此外，该书还明显具有了注重药性理论的趋向。
三、丰富多彩的民间本草著作
宋代本草著作的主流无疑是大型综合性本草著作，与此同时，在民间还流传有众多民间医药学家的各种本草著作。其中除有最著名，学术价值很高的《证类本草）以外，还有其他不少综合的专题本草著作，具有内容新颖，见解精辟，风格独特等不同特点，也是宋代本草史中的重要组成部分。
（一）阐明新义的综合性本草著作
1、《日华子诸家本草》：简称《日华子本草》。为五代十国末时吴越国佚名医人所作。该书原已散佚，幸赖《嘉祐本草》中引证大量资料，尚可知其梗概。该书对药性理论颇为重视，将各种药物按临床实际疗效分为凉、冷、温、暖、热、平等六种，指出同一植物常因部位不同，而药性相异，如茅性平，茅汁却性凉；某些药物由于炮制不同，药性亦异，如干地黄，日干者平，火干者温，指出炮制在改变药性上的作用。此外在药物新品种介绍、药物形态基原、产地、采收时月、栽培、饱制等方面也有新记载。总之，该书是一部具有较高价值的综合性本草著作。
2、《本草衍义》：北宋末年，寇宗姡Ъ凇都蔚v本草》和《图经本草》两书排列和释义等方面的疏误，在“从宦南北”十余年间，留意医药，广搜博采，亲自观察实践，将《嘉佑本草》中的470种释义未尽的药物，详加辩析论述。撰成《本草衍义》20卷，目录1卷。该书对药物的性味、效验、真伪、鉴别等有不少精辟论述和发明并补充以往本草著作的未备之言，遇有疑问总以实际调查为论断依据，一时无法解决个别疑点，也实事求是地承认自身的不足，如在：蠡实条下，“今不敢以蠡实为马蔺子，更俟博识者。”对后世影响颇大，题为南宋许洪、刘信甫校正的《新编类要图经本草》就是将该书与《大观本草）合编而成，金代张存惠重刻《政和本草》时也将该书逐条附入其后。元代朱丹溪在该书邀础上加以补充发挥，撰成《本草衍义补遗》一书。
3、《宝庆本草折衷》：为南宋医生陈衍所作。作者基于当时本草书籍“异同杂糅，泛切混淆”，于是“笃志诠评”。他参考了南宋诸家本草著作，芟繁纂要，在宝庆三年（1227）写成《本草精华》一书，此后又经20年的实际经验相反复修订，于淳祐八年（1248）定稿，易名为《宝庆本草折衷》，约于宝佑五年（1157）筹足资金雕饭印行。全书原20卷，载药789种。今残存14卷，药物523种。该书博采众长，被征引的南宋医药学家有缙云、艾原甫等十多家，还从一些笔记方志中摘引了有关资料，该书很注重药性理论，是南宋难得的一部综合性本草著作，具有较高的实用价值和文献价值。
此外，南宋还有几部短小精悍的综合性本草著作，如张松的《本草节要》、艾原甫的《本草集要》、王梦龙的《本草�