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事实出发宣布了自己的发现。他即没有反对上帝，也没有抗拒教会，只是在另外一个真理面前表现了极大的困惑和不安。
真正从思维上挑战圣经真理的就是哥白尼之后，17世纪的伟大哲学家，数学家笛卡尔 ＇5＇。这位不太安分守己，喜好周游世界的法律学毕业生，由于受到荷兰哲学家皮克曼启蒙性的引导而开始对数学和哲学发生极大的兴趣。笔者认为，笛卡尔最大的贡献是质疑了传统的知识系统：什么才可能成为知识 （真理）。在他之前，知识全部来自圣经，即所谓的“圣经真理” （Biblical Truth） 。由于圣经的形成是基于对长达上千年流传的神学文献书稿进行整理，翻译，解释，甚至发挥，因而带有极强的各人因素，文化影响，历史演变，政府控制。而17世纪时的圣经已经基本形成完整的系统而为教会和社会广泛的接受。所有人类的知识都来自圣经。可是人们发现，真实的世界与圣经有明显的差别。于是，寻找新的认知方法成为17世纪社会思想的焦点。而笛卡尔就是在这个关键的历史时刻提出了自己伟大的学说：“质疑说” （Skepticism） 。他认为客观真理是与每个人的感觉，看法，意识无关的。只有通过对自然的观察之后 （每个人观察的结果可能不一样） ，进行现象分析和逻辑推理，才有可能得到推论和证实。而这种推论又必须经过反复质疑才有可能是结论，而成为知识的一部分。一旦成为知识便不可毁灭。所以，圣经真理不是唯一的真理，因为还有另外一种方法可以得到真理：数学。
在古典中国； 没有科学的传统。因而在学术方面的传统，以考证，注释，解译，整理，汇编为主。很少有剧烈的挑战和质疑。对于古典学说，大多以解释和考证为主要学术活动。比如，对于孔子的哲学，历史上与今天的学术成果基本上是对孔子的解译，试图更为深刻的认识他的思想。在学术行为上，这一点十分类似西方历史上对于神学的研究。比如对于圣经资料，历代学者经过上千年的考证，注释，翻译，整理，才汇编成为今天的。在学术活动中，圣经里的章节，理念，观点都是神的旨意，具有绝对的权威，是无法质疑的。
对于孔子也是如此，孔子的思想是中国哲学的核心。学者们只能著译，不能质疑，即便是今天。虽然在历史上，尤其是时期出现过反孔的浪潮，但是那种运动主要是为了接受西方理念而简单的从口号上，情绪化的反孔，而并没有从思想上深刻的批判，并在观点上标新立异。所以，笔者认为，时期的反孔仅仅具有时代上的进步意义，但是没有太多思想上的学术价值。然而笛卡尔不仅讥讽了基督，而且从思想上批判了宗教。更为重要的是，他提出了新的理念，改变了人类的思维方式，是一盏历史上的思想明灯。
前面提到，中国传统教育界几乎清一色文人学者，而没有很多人经历过科学训练和思想洗礼。他们在思想上受到中国传统意识的深刻影响。所以，他们创办的中国大学传统与西方现代大学在学术研究的理念上也存在很多差别。中国的大学在传统上更加强调“知识” 以及对知识的理解。上世纪50年代，中国社会十分推崇“知识就是力量” 这句培根的名言。在这种口号下，大学教育鼓励，推崇单方向的求知，学习，演算，和熟练的技巧。但是现代大学，尤其现代研究型大学更为重视思考，想象，和创造。而创造的前提一定是“提问” 和“质疑。” 因此，西方大学在教学上的一个核心理念就是如何启发学生们“提出问题。” 芝加哥大学认为，大学应该培育学生“提出最难回答的问题” 的能力。老师和学生将一起寻找问题的答案。因为，对于很多问题，老师并没有解答。所以大学并不仅仅是教学已知，而且是探索未知的地方。
研究型大学最为重要的价值之一在于对知识的贡献。而产生新知识的学术行为就是一种创造活动。学术成果里必须含有许多丰富的，原创的，有意义的，有价值的知识。这成为对所有学术活动的唯一判据。博士论文定义为：“Significant contribution to knowledge。” 换句话说，如果一个论文没有对知识的重要贡献是不能通过的。
现代科学传统
笛卡尔的挑战是历史性的，他的质疑是前所未有的，他的认知哲学是现代科学的奠基。从此，人类在思维上走上不归之路。就在笛卡尔之后仅仅几十年，就出现了现代物理的鼻祖伽利略。在伽利略之后又出现了牛顿和达尔文。至此，西方世界的科学研究一发而不可收拾。更为重要的是，由于笛卡尔的思想，动摇了教会的权威；由于伽利略的工作，导致了现代科学的诞生。
我们知道，现代科学是在近代诞生的。现代科学研究的一个主要标志是科学学会的诞生。1660年英国首次成立了伦敦皇家学会 （Royal Society of London） 。不久，法国巴黎组建了巴黎科学院 （Paris academy of Sciences） 。之后，类似的学术团体如雨后春笋，相继在欧洲各地建立起来。这种学术团体的形成标志着现代学术研究的开始。而在此之前，许多探索工作都是个体，独立的，方法不规范的。因此，以学术单位为基地，以科学学会为活动范围，从事研究工作是现代科学的一个十分基本的，重要的特征。今天的学术活动必须依附学术研究单位。而完全个体的学术研究很难得到承认。
现代科学的核心就是基于科学的理念，通过统一，规范，系统，严谨的方法研究自然与社会。正是因为科学学会的建立，才有可能建立统一的，规范的，系统的，科学的研究方法。这种现代科学的方式根本性的区别于世界上所有其它的认知方法和途径。比如神学的，预言的，玄学的，易经的，感应的，等等。任何科学知识的获取必须通过严格的科学方法。其它方法得到的知识，即便是可行的，有用的也不属于科学的范畴，而不被科学界接受。
现代大学的另外一个特征就是仅仅以科学方法研究世界，包括自然和社会。世界上存在许多思想，理念，方法，但是对于现代大学，只有一种理念和方法：科学。大学所探寻的仅仅是科学真理；大学所创造的也仅仅是科学知识。大学的研究者们必须归属当代科学学会，参加学术会议，并且在学术界认可的学术杂志发表论文。除此之外，没有任何其它可能的方式。这种以科学的思维区别与社会上其它任何团体的特征是现代大学至高无上的标志。大学的学者们无论来自何种文化，宗教和信仰，都必需在校园从事科学活动，而不能把非科学的东西带入课堂。对于中国传统社会的理念和方法，比如感应术，算命，玄学，预言，都必须杜绝于校园之外。但是，完全可以用科学的方法研究这些社会现象和宗教历史。比如美国大学设立神学，历史，宗教等方面的学术研究。这与信仰完全是两回事。
思想启蒙运动传统
近代中国与西欧在历史进程上另一个本质的区别，就是自文艺复兴之后最为重要的思想变革：思想启蒙运动 ＇6＇。笛卡尔的哲学思想历史性地动摇了社会思维和教会统治。伴随现代科学的诞生，宗教社会开始分化而形成了所谓的“世俗社会。” 当笛卡尔第一个向权威吹响了挑战的号角之后，许多学者开始从认知上提出新的思维模型。其中包括法国人伏尔泰，苏格兰人休谟，德国人康德，尼采。这些思想家从哲学的角度出发，以学术的方式，深刻地批判教会。这些学者大多谙熟数学，因而懂得假设，逻辑，推理，结论等学术方法。他们以科学为武器，非常雄辩地指出宗教的荒唐，神学的非理性，教会的愚昧，以及圣经对人类思想的禁固和腐蚀。他们以自己独特的幽默；讥讽教会和迷信。我们来看看他们的名言：
伏尔泰：
Theological religion is the source of all imaginable follies and disorders； it is the mother of fanaticism and civil discord； it is the enemy of mankind。 （ tecn ）
Christianity is the most ridiculous； the most absurd and bloody religion that has ever infected the world。 （ tecn ）
The truths of religion are never so well understood as by those who have lost the power of reasoning。 （ tecn ）
Doubt is not a pleasant condition； but certainty is a ridiculous one。
休谟：
Is God willing to prevent evil； but not able？ Then is he important。 Is he able； but not willing？ Then is he malevolent。 Is he both able and willing？ Whence then is evil？ （ tecn ）
Generally speaking； the errors in religion are dangerous； those in philosophy only ridiculous。
尼采：
Do not let yourself be deceived： great intellects are skeptical。
God is a thought … it makes all the straight crooked； and all that stand reel。
“Faith” means the will to avoid knowing what is true。
西方启蒙思想家的特点是：他们都具备良好的学术训练和修养；不仅掌握语言，修辞，历史，和艺术的丰富知识，而且有深厚的数学和逻辑功底。他们的学术行为具有理性，逻辑，推理，分析，证据等科学研究的内涵和特点。因此，他们的批判非常致命。他们在分析和批判的基础上建立了独立的思想体系。值得指出的是，启蒙思想家的工作具有极强的学术性。所以，他们的思想被世界学术界接受，成为经典知识。比如，尼采的存在主义成为影响人类当代思维的哲学基础之一。
思想启蒙运动的伟大不仅仅在于挑战教会，而在�