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》（1896年）和《初等代数教科书》（1898年）被定为中等数学教育的教科书。随着西方数学的兴起，和算（日本数学）开始没落。1872年（明治5年）公布的学制，将大中小学的数学一律定为西方数学，给和算以巨大的打击，许多和算家被迫转业。
1877年（明治10年）创立东京数学会社，出版《东京数学会社杂志》。1887年（明治20年）中川将行等人创立反大学派的数学协会。进入20世纪，日本的近代数学才算真正确立，出现了许多优秀的论文，如中川挂吉的《双曲线几何学》（1901年）、吉江琢儿的《微分方程式研究》（1903年）等。1911年（明治44年），林鹤一创办了《东北数学杂志》，它后来成为国际性的数学杂志。1918年（大正7）远藤利贞出版了《增修日本数学史》。
3、化学。 1837年（天保8年）出版的化学书《舍密开宗》（宇田川容庵译著），最早将欧洲近代化学传到日本＇注3＇。后来又陆续出版了川本幸民的《兵家须读舍密真言》、桂川甫策的《重译化学通览》和上野彦马的《舍密局必携》等化学书。幕末的化学教育机关是藩书调所、西洋医学所和长崎精得馆。1868年（明治1年）成立大阪舍密（化学）局，聘请荷兰人哈拉塔马（Gratama 公元1831年—公元1888年）为该局教授，专门培养化学人才。1870年大阪舍密局改为大阪理学所，后又称为大阪开成学校。开成学校（大学）内设五所学校，其中有化学学校，从英国招聘阿特根逊（R．w．Atkinson，1881年回国）来日，教授普通化学、冶金学、分析实验等，学生有久原躬弦、高山甚太郎、高松丰吉等，他们都是日本化学创始期的重要人物。1870年京都创设舍密局，它是日本最早的工业试验所。1878年（明治11）成立日本化学学会，出版了《日本化学学会志》，刊登了许多优秀论文，如高山甚太郎的《日本制茶分析》、中泽岩太的《天和山炼铜化学》和吉田彦六郎的《漆的化学研究》等。
有关化学试验的研究机关中，历史最悠久的是东京卫生试验所，主要是检查和管理药品。1893年（明治26）设立东京农事试验场，专门研究农艺化学。1900年（明治33）建立的东京工业试验所，进行有关化学的试验和研究。
化学研究方面，有1908年池田菊苗发现的“味之素”（味精）；还有高峰让吉的“高淀粉酶”（1909）和铃木梅太郎的“维生素B”（1910）等，都是达到世界先进水平的研究成果。明治末期至大正时代的化学研究，获学士院奖的有：高峰让吉的《肾上腺素的发现》（1912）、真岛利行的《关于漆的主要成分研究》（1912）、让本满丸的《油脂研究》（1920）、田原良纯的《关于河脉毒素的研究》（1921）比奈泰彦的《汉药成分的化学研究》（1923）、铃木梅太郎的《副营养素研究》等。
4、物理学。 1872年（明治5年）出版了由泽渝吉的《训蒙穷理发蒙》三卷，它是有关天文、地理、物理学的启蒙书。后来又陆续出版了《穷理发蒙》（鱼住、宇喜多合编）、《穷理问答》（后藤达三）、《穷理余谈》（土屋政朝）、《穷理便解》（望月诚）等，这些都是有关物理学方面的启蒙书，对普及近代物理学起了很大作用。为了满足物理教育的需要。1872年出版了片山淳吉编的《官版物理阶梯》（全三卷），1888年出版了日英德法对译的《物理术语辞典》。
1877年（明治10年）东京大学创立时，招聘许多物理学教授来日讲课，其中美国俄亥俄大学教授明顿荷尔（Mendenhall，1841一1934）；对日本物理学的发展作出巨大贡献。还有英国人位因（Ewing1855—1935）和诺特（Knott，1856—1922）先后被东京大学聘为教授，为日本近代物理学奠定基础。山川健次郎是最早的日本人物理学教授和五位理学博士之一。当时东京大学物理学教研室是日本物理学研究中心。
至明治20年代，日本物理学进入自立时代，出现了田中正平的《纯正调管风琴研究》（1888）和长冈半太郎的《磁致伸缩现象研究》（1889）等科研成果。接着，世界水平的论文不断出现，日本物理学家的活动也频繁起来；明治后期，长冈半太郎的《原子模型研究》（1903）是日本理论物理学上最光辉的业绩。他的学生本多光太郎除研究地球物理学外，还进行了钢铁的物理研究和磁性研究，开拓了冶金物理学的新领域。c431917年发明了K．s磁钢。1916年（大正5年）他的《关于铁的研究》获学士院奖。此外，获学士院奖的还有寺田寅彦的《关于劳厄电影的实验方法及其说明的研究》（1917）、西川正治的《尖晶石的原子配置及受歪的物体的x光检查》（1917）、木下季吉的．《关于放射线的研究》（1923）等。在普及工作方面，中村清二及田九卓郎写了中等教育用的物理学教科书及参考书。京都大学水野敏之丞的电波研究也很有成绩，1896年（明治29年）第一次制作x光的发生装置，拍摄x光照像。1917年（大正6年）东京建立了理化学研究所，对工业的发展具有重大的意义。
5、博物学。 日本的博物学是指动物学、植物学和矿物学而言。日本近代博物学的发展是与德国人西博尔德（F．Von sdbld，1796—1866）的名字分不开的。1833年（文政6年）西博尔德作为荷兰医官到达长崎，一面行医一面从事日本动植物和地理学研究。在他的直接指导下，培养出一批日本博物学家，其中最著名的是伊藤圭介（1803…1901）。他是幕末与明治科学之间及本草学与近代植物学之间的桥梁。
1869年（明治2年）东京开成学校和东京医学校首次开设动植物学课。1873年（明治6）开成学校首次开设矿物学课。1877年（明治10年）开成学校改为东京大学，创设生物、地质学科。和其他学科一样，博物学初创时聘请外籍教师讲课，后来才培养出一批日本的博物学家。1877年美国人莫尔斯（E．S．Morse，1838—1925）到日本他于1879年（明治12）发现大森贝掠，这是日本人类学的开始＇注5＇莫尔斯一面在日本各地采集古生物标本，一面在东京大学教授动物学，向日本介绍达尔文的进化论，为日本博物学的发展作出巨大的贡献。
明治时代的植物学与江户时代的本草学之间的关系极其密切。1868年明治政府接收了幕府的植物园即小石川的御药园，改称为大病院附属御药院。1877年它附属于东京大学，1886年（明治19年）改为帝国大学植物园，附属于理学院，植物学教研室迁到园内。次年为研究高山植物，在日光设立分园。小石川的植物园对培养日本植物学家起了相当大的作用。
1871年（明治4年）文部省内设博物局，专管博物馆和植物园1873年博物局改为博览会事务局，其中博物科有动物、植物和矿物三个部门，分别管理研究学问，收集标本和陈列展品。1882年（明治15年）新建的博物馆竣工，1900年改为帝室博物馆，由宫内省管辖。1923年关东大地震，东京博物馆被毁，次年将帝室博物馆的
自然科学展品让给东京博物馆时，展品达9。3万余件。日本博物馆在普及科学知识方面起了很大的作用。
博物学启蒙读物有田中芳男的《动物挂图》（1872—1877）和野职憨的《植物挂图》（1873—1878）。杂志有博物局出版的《博物杂志》（1879年创刊）、东京动物学会的《动物学杂志》（1888年创刊）等，登载了质量很高的论文。著作有白井光太郎的《日本博物学年表》（1891年）、松村松年的《日本昆虫学》（1899年）、岩崎重三的《日本矿石学》（1901年）、三好学的《植物学讲义》（1899年）、藤田经信的《日本水产动物学》（1902年）、饭田启的《海洋动物学》（1902年）等。
二、工学
日本工学是在幕末至明治引进欧美工业技术成果和自然科学知识的基础上成立的。明治维新时，英国产业革命已经完成，第二次产业革命正在开始。所以日本一开国就吸收英国以轻工业为中心的第一次产业革命技术成果，同时又被卷入英、德、法、美等第二次产业革命的浪潮中。第一、二次产业革命同时进行是构成日本产业技术和工学的特征。幕末大量输入的洋学知识以及明治维新由国家大力移植的近代科学技术，对日本工学的发展具有重大意义。
1、军事工学。 明治政府在富国强兵政策的指导下，1869年（明治2年）设立兵部省，内设兵器局，重新整顿藩营军事工厂。1877年（明治10年）建成陆军二大工厂（东京、大阪）和海军二大工厂（筑地、横须贺），同时招聘外籍技术人员，大量派留学生到外国学习军事技术。明治初期在造船工业上始终限于维修，兵舰主要在英国建造。1884年（明治17年）以后，日本才开始有钢制商船（如“筑后川丸”）。1896年（明治29年）施行造船航海奖励法，大大促进了造船工业。1898年（明治31年）三菱长崎造船所建成日本钢制邮船“常陆丸”（6200吨，2000匹马力）。甲午战争以后，日本造船技术有了显著进步。1897年宫原二郎发明了宫原式水管锅炉，1903（明治36年）正式被海军采用。1907年（明治40年）战舰“安艺”、“伊吹”在吴海军工厂建成。1908年（明治41年）三菱长崎造船所建成的“樱花丸”上安装着日本最早的国产汽轮机和宫原式锅炉。但日本造船技术的真正独立是在第一次世界大战以后。
在枪炮、火药制造技术方面，1880年（明治13年）村田经芳发明村田式步枪。后来继续改进，至1906年（明治39）发展成三八式步枪、骑兵枪、机关枪。1885年（明治18）大贩炮兵工厂开始生产意大利式野战炮（青铜）。1898年（明治31）有坂成章设计了三一年式速射野战炮（钢制）。1897年吴海军兵工厂制造了日本海军最早的口径12公分的速射炮。19世纪后半期是世界火药制造技术大改革的时代，黄色无烟火药代替了黑色有烟火药。日本派岛川文八