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可是，一位可亲可爱的和蔼父亲可能也会给孩子带来不好的影响。17岁的时候，威廉·詹姆斯希望当画家，可是，老亨利·詹姆斯却不同意这件事，并带全家去欧洲呆了一年，以冲淡此事，因为他希望孩子在科学或者哲学里面谋一份事业。只是因为威廉坚持要这样，他才勉强让他跟纽波特的一位画家学画。半年之后，威廉觉得自己缺乏这方面的大才，也许更多的是因为一种欠疚感而不是才气的缺乏，他遵照父亲的希望进入了哈佛大学，开始学习化学。
可是，繁文缛节的实验室工作考验了他的耐心，他很快转向当时的热点生理学，主要是因为穆勒、亥姆霍兹和杜布瓦·雷蒙在欧洲做出的开拓性工作使然。可不久，因为家庭经济状况开始转坏，威廉意识到迟早得自己谋生，因此，他转向了哈佛医学院。医学也没有能够唤起他的热情，因此，他花了近一年的时间跟著名的哈佛博物学家路易·阿加西兹一起去了亚马逊河，希望自然史会成为他真正喜欢的学科。结果没有，他不喜欢收集标本。
他回到了医学院，可又受到各种疾病的折磨——腰疼、视力欠佳、消化不良，还有一阵阵的自杀冲动——所有这些或大部分都因为他对未来的担心而加剧。为了寻找解脱办法，他去了法国和德国，约有两年的时间，在那里沐浴，在亥姆霍兹和其他著名的生理学家手下学习，结果对新心理学相当熟悉。
最后，他回来了，并于27岁完成了医学院的课程。他没有想办法去行医，因为他身体不太好，可是，他花时间研究了心理学，因为对前途的担忧而心情暗淡，再加上他有关意识的科学观点与这个世界及其父亲的神秘主义和精神追求相差甚远，因而郁郁寡欢。1870年28岁时，在经历了一年多的郁闷后，他突然产生了与父亲极为相似的情感危机。许多年以后，他在《宗教经验种种》，通过由一位匿名的法国人为他写回忆录的形式，描述了这种体验：
有天晚上，我在夜色中去一家成衣店买一件衣服，突然间，一阵可怕的恐惧感没有预先的警告就袭击了我，就像从黑暗中冒出来的一样。这恐惧感就是对自己的存在的害怕。同时，在我脑海里出现了一个癫痫病人的形象，我以前在疯人院里曾看见过他，一位长着一头黑发的青年人，皮肤发绿，完全是个傻子，整天坐在凳子上，或者坐在墙上的架板上，双腿抱膝坐在那里。这形象就是我本人，我心里在想。我害怕得发起科来。这之后，宇宙对我的意义完全改变了。我每天早晨醒来时，胃底会有非常可怕的恐惧感，一种我以前从不知道的人生朝露感。自那以后，我再也没有体验过了。
威廉成人后曾解释他父亲的危机，说那是对他那暴君般的父亲长期压抑住的敌对情绪总的爆发，可威廉从没有暗示过他自己的危机应作何解释。雅克·巴赞曾提出过一种假设：“人们完全可以合理地猜想，这是因为无法忍受的压力所致，因为他无法反叛一位从没有对他施过暴而只有爱的父亲。”
这次攻击使詹姆斯有好几个月神情颓丧。在这个期间，他特别受到德国生理学家对世界的机械论看法的困扰，这就是他自己的父亲一向反对的加尔文教的决定论观点在科学上的等同物。如果机械主义论真实地反映了意识，那么，他所有的思想、欲望和意愿都仅仅不过是一些自然粒子间相互的影响，都是事先决定好了的；他对判定自己的行动毫无办法，就像精神病院里的那个癫痫病人一样。
最后，跟他父亲一样，他通过阅读从这阵压抑中解脱出来——不过，他读的不是斯维登堡的书，而是法国哲学家查尔斯·赫努叶论自由意志的一篇文章。詹姆斯在日记里这么写道：
（我）看不出有任何理由要把他的自由意志定义——“在我兴许会有别的思想时，偏偏保持住我选择的这个思想”——改为错觉的定义。不管怎样，我会暂时——直到明年——认为这不是个错觉。我的第一个自由意志行动将会是相信自由意志。我要随我的意志再进一步，不仅以这个意志来行动，而且还要相信它，相信我自己的真实性和创造力。
他相信自由意志的意愿果真起了作用，他开始慢慢恢复了，虽然他的身体状况一辈子都是脆弱的，而且他还时不时地有短暂的压抑情绪出现。他在接下来的两年时间里进行了生理学和生理心理学的广泛阅读，使心理健康也得到恢复。1872年，他快30岁的时候经济上还依靠父亲的支持，而且对未来也没有什么计划，这时，哈佛大学的校长，也是他的邻居——詹姆斯一家曾在剑桥生活了一段时间——查尔斯·埃利奥邀请他去哈佛教授生理学。他接受了，在以后的35年中，他一直呆在那里。
但不是作为一位生理学教授呆在那里的。3年后，他开始教授生理心理学课程，并开始在他与劳伦斯·黑尔的小实验室里为学生们进行演示。他继续杂乱地读书，形成他自己玄妙的心理学概念，并在下个3年时间里写了大量文章和书评，极力鼓吹他的思想。出版人亨利·霍尔特提供给他一份合同，让他写一本有关这门新的科学心理学的教科书。詹姆斯签了合同，但说了声对不起，因为他需要两年的时间才能完成该书。结果他花了12年时间，于1890年完成了该书，但是，他写作的这本书非常成功，远远超出了出版人原来的希望。
詹姆斯开始写作这本书的那年，即1878年，在另一方面也是一个里程牌。36岁时，他结了婚。尽管他相信自由意志，可是，他好像已经是某种在配偶的选择上不是位自由的代理人。两年之前，他父亲从波士顿激进者俱乐部开会回来时宣布，他已经遇到了威廉的未婚妻，即艾丽丝·吉本斯，波士顿的一位小学教师和小有成就的钢琴家。威廉尽管是拖着两条腿去见她的，可是，一旦见到，树已成船，生米搞成了熟饭。追了很长一段时间后，艾丽丝成了他忠实、坚强的妻子和好帮手，她成了5个孩子的母亲，抄写员和终身的智力伴侣。她欣赏他的天才，理解他的情感需要和气质上的反复无常，而且，尽管有很多时候是剑拨弩张，关系不轻松得很，特别是在威廉每次要进行长时间旅行之前——他有时需要分开一阵子——但是，他们是一对忠实和互敬互爱的夫妻。
一旦结婚后，詹姆斯还残留着的一些神经和生理上的症状就开始减轻了，尽管他的身体总不是尽善尽美的，不过，他对生活的态度却是大为转变了，那种热情和能量是以前都没有体验过的。他最后终于成了一位经济独立、有自己的身份的男人，有家，有收入，有追求自己的目标的自由。两年后，哈佛承认了他的特别兴趣和才干，让他当上了哲学系副教授（他对心理学持有的大观点在这个系里更合适一些，而不是生理学系），并于1889年最终把他的称号改变了，变成心理学教授。
创立之父
詹姆斯于1875年开始教授心理学之前，美国大学里不存在心理学教授。当时，美国大学里教的课程中，惟一的心理学形式是颅相学和苏格兰心理生理学，这是联想主义的一个分枝，主要用作天启教的辩护。詹姆斯本人从没有上过新心理学课程，因为没有这样的课程可以上，如他所嘲笑的：“我听过的第一次心理学讲座是我自己讲的。”
但在20年内，至少有20多所美国大学开设了心理学课程，出版了3本心理学杂志，还成立了一个专业性的心理学学会。心理学到达花期有三个原因：许多大学的校长希望效法德国心理学机构的成功，冯特训练出来的心理学家来到美国，而且，最重要的就是詹姆斯的影响，他通过教学，通过他的十几篇极受欢迎的文章和他的杰作《心理学原理》，把这些影响扩散出去了。
詹姆斯把实验心理学引进了美国。他至少是与冯特同时向学生进行实验演示的，如果不能算更早些的话，詹姆斯和学生开始进行心理学实验的时候，与冯特与学生一起做实验是同时的。可笑的是，詹姆斯一方面极强调实验的价值，一方面却觉得它十分无聊，而且在学术上也太过局限了。他通常只花两个小时进行实验，他告诉一位朋友说：“我天生不喜欢实验工作，”而且，谈到莱比锡大学实验室的工作风格时说，“一想到心理——物理学实验和完全的铜制仪器及代数公式，我就对这种心理学恐惧已极。”
然而，他相信实验心理学，而且让学生进行广泛的实验。他们让青蛙飞速旋转，以探索内耳的功能；他对聋哑人也做同样的实验，以检测詹姆斯的假设，即由于他们的半圆形通道已经损坏，他们对晕眩的敏感度比正常人就应该少一些（他是对的）；他们在青蛙腿上进行反射实验，在人类受试者身上进行反应－时间和神经传递速度的实验；而且，他们远远超出冯特生理心理学的范畴，还进行了催眠和自动写作的试验。
尽管詹姆斯不喜欢做实验，但当证明或者驳斥一个理论最好的办法是进行实验时，他还是迫使自己做一些。在他写作《心理学原理》一书有关记忆力的一章时，他希望检测“功能”心理学家们仍然相信的一个古代人的信仰，即记忆跟肌肉一样，它是可以通过练习来加强的，而且，记忆任何事情因此就会不仅改善对被记忆材料的记忆力，而且会增强记忆所有材料的能力。詹姆斯怀疑这一点，便让自己当了受试者。在8天时间内，他背诵了维克多·雨果《讽刺》一诗的158行，每行平均约花50秒的时间。然后，他开始�