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1948年先生接获多封外界读者来信，建议他编写《伤寒论新义》的姐妹篇——《金匮要略新义》。实际上先生于40年代初即有此意向，多年来在这方面的学术积累也较为充分。是年在繁重的诊务和教学负担下，经常在夜间参阅大量文献、结合临床予以编写。而他在上海执业的30年中，主治病证以内、外科居多。内科则以伤寒、温病、内科杂病、疑难重证为主。所用方治，虽不拘经方、时方，但仲景方仍占转大比例。他对上海的时医诊治热病，动辄以豆豉、豆卷等药施治，至为不满。先生用仲景经方中之石膏、大黄，在辨证确切的情况下，用量相当大而效验卓著，甚至有“起死回生”的多个案例，上海市民以“石膏、大黄先生”（此处之“先生”二字，义同医生）称之，成为民国时期经方派的名家。
关于这一点，读者在阅习他的医案后，当会有更深的体会。
自1929年定居上海后，先生对中医前辈名家多所敬重。
他曾多次表述，在学术上除承父教外，上海的谢观、丁福保、陈无咎等老先生对他亦多所教益，但生平尤为崇敬的则是“南北二张”（“南张”指嘉定张山雷，“北张”系指天津张锡纯）。在学术方面，除主张精读经典名著外，并在一定程度上主张中西医学汇通。故他是民国时期“经方派”名家，也是“汇通派”的成员之一。
1949年是年5月，上海获得解放，并于10月1日建立了中华人民共和国，中医药界从此得到了真正的“解放”。先生诊务较前更为繁忙。在学术上，他更多地和上海同辈名医陆渊雷、秦伯未、章次公、程门雪、张赞臣、章巨膺、严苍山等切磋、研究，为上海市的中医工作发展向卫生部门提出诸多建议，以促使改进中医药工作的顺利发展。
由于在上海的20年，先生的医事活动以临床与教学为主，受教的学生数以千计，招带的生徒亦不下数十人之多，先生开始将过去诊疗的若干病证予以案例记述、整理，他在建国以前已将其父奉仙公遗著——《医方经验汇编》整理刊行（中华书局出版），自己也拟出一本医案著作，定名为《翼经经验录》，书名涵义是以个人的临床经验以羽翼仲圣之经典名著。实际上《翼经经验录》所经治的医案，本书均已予以收录、整理。余氏之医案力求在临床上能取精用宏，并以符合诊疗实用为准则。余氏所主张的“中医科学化，西医中国化”，对外界也有一定的影响。
1952年先生积多年仲景学说的教学、研究，编著了《金匮要略新义》（图表注释），由新医书局出版。书的封面及其扉页，分别由其同道、诗友秦伯未、严苍山先生题写书名，学术特色仍以“图表注释”为主。无言先生针对世传《金匮要略》原文，在理顺经文之错乱、伪文之芜杂方面下了一番功夫。
每论一证，多以西说为参证。全书仍以“发皇古义，融会新知”为其著述思路与方法，出版后亦曾多次重印（台湾省亦据原本重印）。由于《伤寒论新义》与《金匮要略新义》的先后刊行。余氏成为20世纪仲景学术的主要研究者之一。
1954年数年来，先生陆续带徒讲授医经及内、外科，积极参加上海中医界各项学术活动，并经常去西医医院会诊。是年秋，卫生部中医研究院筹备处派出陈邦贤、徐瑞杰先生到上海延请名医赴京工作，曾亲临诊所、住处洽谈，先生答以稍缓时日，考虑进京工作。同年10月5日，华东及上海市召开中医代表会议，讨论卫生部所拟订开展中医工作的种种方案，无言先生作为中医学会和内科学会的特约代表应邀出席大会。此次会议以发掘、整理祖国医药遗产、推进医学教育和纠正过去工作中的偏差作为讨论重点。先生指出：“中医学术得到政府的重视，可以安如磐石。”在会议过程中，先生除作口头即席发言外，并向大会和秘书处专写提案四则，对中央制订的中医政策极为支持。
1955年先生之三子余瀛鳌自北京中央直属机关第二医院报名参加卫生部主办第一届全国西医学习中医研究班系统学习中医，并在医学史前辈名家陈邦贤先生的示意下与其父联系来京工作事，无言先生答以数月后赴京到中医研究院工作（研究院于1955年12月19日正式成立）。
1956～1957年1956年3～4月，无言先生全家由沪迁京。中医研究院首任院长鲁之俊与先生面谈工作，嘱其与于道济先生主持编审室（数年后改名为中医文献研究室）工作，室内成员有上海陈苏生、浙江谢仲墨、扬州耿鉴庭等先生。
1956年夏迄1957年秋，先生主要参加建国后全国九种中医教材的审订，为提高教材的质量倾注了心血。他更多的是对《伤寒论》《金匮要略》和《中医外科学》三种教材负责予以审改，为各中医院校编写教材奠定了学术基础。当时并应聘承担卫生部全国第一届西医学习中医研究班的《金匮要略》等课程的主讲人之一。
1956年10月，先生为其子瀛鳌在西医系统学习中医的基础上，能达到“术业精进”的目的，提议拜在其同道、挚友秦伯未先生（当时任卫生部中医顾问）门下，秦先生欣然接受这个提议，并在数年后师生合作编写、重订《内经类证》刊行于世。
1958年是时正值全国“反右”斗争的后一年，先生因所谓“右派言论”由中医研究院调至北京中医学院任教。当时已患有高血压，体况欠佳，教学课时不多。
1959～1962年先生参加北京中医学院“十大经典医著”的编纂、设计，由于身患高血压，实际工作做得不多。先生并在数年内承担一些中央领导的医疗、会诊工作。
1963年是年9月6日忽患脑溢血，急送北京中医学院东直门医院内科抢救，因出血量多，于9月7日病逝，享年63岁。
后记无言先生生平业医45年，在中医临床、教学和学术研究等方面，均有较大的贡献。除医事外，先生对文学、史学亦有深邃的研究，特别是对《史记》和《汉书》，曾欲撰写专著，因不幸早逝，未能如愿。生平素喜吟泳，曾将建国前后所撰诗数百首，分别编为《愚盦诗草）八小册（自印本）分赠亲友、同道和学生辈。
作为从事中医教学30余年，受教的学生遍布全国，生徒中如何任、颜德馨、薛盟、曹向平、袁正刚、裴慎、庞泮池、董平、张鸿祥、巫君玉等，均为具有广泛影响的名医；子庆鳌、瀛鳌，女竹君、蕙君亦传其业。