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他有这么多的祈祷活动要做，可奇怪的是，1274年他在49岁去世前竟干了那么多的事情。在不到20年的时间里，他一边在巴黎大学和意大利的一些大学里讲课，一边还写作了为数众多的布道辞、宗教小册子、赞歌和祈祷辞，还有对早期哲学家著作的大量冗长的评论以及卷秩浩繁的劝教著作。
这些作品旨在劝说不信教的哲学家们，因为他们的理性论阻挡了他们的信仰。阿奎那想办法用完全不同于圣奥古斯丁狂热的神秘主义的途径来引导他们走入信仰：他给他们提供了旨在全凭理智来引导信仰的严密的逻辑哲学辩论。他在一份小册子中对一群反对者写道：“请注意，我们会纠正（你们的）错误。它不以信仰的公文为基础，而是建立在哲学家们自己的推理和声明上的。”
还有专门对神学学生的说教，详细解释并为整个天主教教义进行了辩护。共有38份讲述不同主题的专题论文，包括纯粹哲学、伦理学、法律和心理学。其中一本书里包括了解情况631个“问题”或者主题，约代表对这些问题的一万多种反对意见或者答复。阿奎那利用辩证法通过一步一步的推理检查每一个问题。结果是，这比逻辑教科书热闹不到那里去，但作为严密的逻辑推理，它是无与伦比的。
也许是操劳过度的原因，1273年12月的一天早晨，他在望弥撒的时候突然有了奇怪的感受，从那以后，他无法再写作了。“我再也干不下去了，”他说。“我已经感到，我一生写下的这些东西几乎一钱不值，现在，我等待着自己生命的终结。”3个月后，他去世了，在不到50年的时间内被教皇约翰二十二世封为圣徒。
阿奎那的神学和纯粹哲学在这里与我们关系不太大，只是，他使心理学与神学和纯粹哲学合谐相处了。他主要是在《人类论》、《人类行为论》和《习性论》这三篇专题论文中做到这一点的。他在这三篇文章里展开的东西没有什么新颖之处，他不是一位探索者，而只是基督教教理与亚里士多德主义的调和人。他的心理学大部分是以亚里士多德为基础的（不过却埋伏在阿奎那自己艰涩深奥的术语里），还零星地夹杂着加伦、圣奥古斯丁和少数其他人的思想。他把很多明显和实在的东西、一些在早期的教父作品里丢失了的东西恢复进了心理学。可是，他把这门科学冻结在其古典的思辨和诡论中，并把基督教信仰中一些关键要素输入其中，比如肉体与灵魂或者意识的二元论，这使心理学蒙上了阴影，直到今天才云开雾散。
在他论及心理学的作品中，尽管有许多托马斯式的措辞，我们仍然可以看到许多熟悉的话题。
在论及感觉时，阿奎那讨论了早期作者们熟悉的五种外部感官，再加上“常识”感觉——这是亚里士多德的概念——通过这五种感官，我们知道，通过不同的感官同时感觉到的一些材料是从同一个物体上得来的。
他以多少带有亚里士多德风格的方式细分了心灵的各种功能，把它们分为“生长性的”（其自行调节的身体功能），“有感知力的”（感觉、胃口、运动）和“理性的”（记忆、想象和理智或者智力）。可是，他极度地夸大了“哲学家”（他经常这样称呼亚里士多德）的一个草率建议，说有两种智力。第一种智力的功能，或者“可能智力”，是理解、判断和就我们的感觉进行推理，第二种智力的功能，或者“代行智力”，是要从我们的感觉中抽取思想或者概念”，并通过信仰来了解其它的一些真理，比如不能通过推理得知的三位一体的神秘性。
阿奎那没有提供经验证据来证明两种不同的智力的存在，他的结论是以逻辑和教理合并而成。因为，不管灵魂里面是什么东西，它都会关系到身体的感觉、感知和情绪——不管是什么，只要它是灵魂－肉体在有生命的期间的一部分——它就不能够在死后仍然存在。可灵魂却会存在下去，因为教理是这么说的。它一定就是灵魂－肉体这个单元传递更高和永恒知识的那一部分，因此也是永生的，这就是代行智力。
阿奎那因此就调和亚里士多德的心理学和基督教教理，因为亚里士多德心理学不允许个人死后还有生命存在的说法，而基督教教理却坚持认为这是铁定的事情。然而，为了让容易消逝的“可能智力”成为一种我们可以通过它来创造思想的机制，他从自己的心理学中排斥走了神秘柏拉图主义关于天生思想的说教。他跟亚里士多德站在一起，认为婴儿的意识就是白板一张，它具有从经验中抽取思想的能力。天生思想的教条会在以后的一些世纪里毒害心理学，可是，它并非阿奎那所为。
可是，他的确区分了从肉欲中产生的欲望和从性情暴躁中产生的欲望，这对概念他是从加伦处学来的，而加伦又是从柏拉图那里得来的。阿奎那比先辈更细致地发展了它，通过定义、演绎和常识来组织材料。其概要如下：当肉欲是因一件好事而起时，我们会感到像爱、欲望和欢乐这样一些情绪；当它是因为一件邪恶的事情而起时，则我们会感到仇恨、厌恶和悲伤。当性情上的欲望被很难得到的好的事情唤起时，我们会感到希望或者绝望；当被一件邪恶的事情唤起时，则会有勇气、恐惧或者愤怒。
对情绪的这种分类，尽管它好像是人为的，而且在今天听起来也有点假道学的味道，可是，它确是较为系统一些，也比以前任何一位哲学家的观点要透彻一些。更为重要的是，阿奎那以近乎现代的程度强调快乐和痛苦是情绪的基本构成材料，为此，他应该得到荣誉。
在就意志这个话题的讨论中，阿奎那按照教理的要求强调说，意志的自由确存在。可是，他说这话的前提是从亚里士多德心理学得到的。首先，他就理智的本质比意志“更为神圣和崇高”这个论断进行了深奥难懂的形而上的推理。而后，他更为直露一些地说，理智决定什么是善的，而意志却寻找满足对此物体的欲望。我们禁不住奢求欲望所需的物体，我们在决意为这些欲求做什么的时候也是自由的，可是，意志从属于智力，它会决定什么应该去追求，什么应该去避开。（如果我们决意去做邪恶的事情，那是因为没有真正的理解。）可是，有一种情况下，意志是比理智更好的一位裁判：
如果所欲求的目标比灵魂崇高一些，其本质是在里面由理智来理解的，则意志比理智崇高……爱上帝要比仅仅知道上帝好得多；反过来说，只理解有形的物体要比爱有形的东西好得多……通过爱，我们紧靠着以卓越的形式升起在灵魂之上的上帝，在这个情况下，意志比理智崇高。
这又一次证明了阿奎那在信仰和理智之间的调和。他的目标是要利用自然的理智来证明天主教信仰的真理，可是，如三位一体、化身、最后审判以及上帝的本质等的神秘性却不能通过感官或者理智的证据来演绎，而只有通过信仰来认知。因此，他就确立了一个二重的认识论：我们通过经验和理智认知一些事物，而其它的事物却只有通过启示来做到。这种自然主义心理学与基督教迷信思想的混合物会对后世的许多信仰者带来安慰，却对科学心理学的发展造成了长期的阻碍。
因此，阿奎那对心理学的影响既是积极的，也是消极的。在他把感觉和理智描述成我们籍以获取知识的途径时，他也提供了一个基础，在这个基础上，心理学有一天会获得一种实验的、科学的世界观。
可是，在他把更高级的智力作用描述成永生不死的东西，以及坚持说某些知识只能通过信仰来获取时，他就使超自然主义对心理学的控制延长了更多的时间。他的权威如此牢不可撼，至少是在天主教徒中，由20世纪——有一本甚至晚至1945年——的天主教徒所写的两本心理学史都说，阿奎那之后的心理学走入了迷途。
黎明前的黑暗
阿奎那于1724年去世之后的好几个世纪中，心理学又一次陷入停滞状态。这位圣人和哲学家合并起来的权威使其石化了，而少数一些写过心理学方面的著作的牧师又几乎没有新的东西说出来。时代对知识探索也不尽适宜。14世纪的百年战争和黑死病及其它流行病使社会秩序陷入大混乱。在这样一个世界里，没有人会受到激励，竟然要去以科学和哲学的态度来探索人类的心灵。就连受过教育的那些人也在绝望中转入了占星术、迷信和魔鬼信仰的研究中。一些在稍好些的时间里有可能会写出更多有关古典著作和教父哲学的评论的牧师们，他们反过来研究并写作有关女巫的行为和方法，审判官可以用来证明被告与魔鬼结伴，为虎作伥。
恶鬼或者群魔在里面出现的错觉和幻觉被广泛信以为真，精神病行为被解释成通过梦对病人的附体或者恶魔本人上了身。天使或者圣母玛丽亚或者耶稣的声音、光辉、影子通常都被认为是实际的降临或者通话。对意识和情绪的理解，至少在欧洲又回到了它几千年以前的模样。
然而，到15世纪末，一些社会变化带来了一些条件，它们将促进心理学自希腊时代以来最大的一些进步。火药引入欧洲以后，城墙和个人用的盔甲顿成废物，从而也使封建制度过时了。随着文艺复兴的黎明到来，不是僧侣，因而也不受正统说教限制的学者人数也增多了。约1450年左右印刷术的发明使他们可能在教会控制的大学之外进行研究。重新发现往日的知识开始把人们的意识从中世纪思想的禁锢中解放出来。
在16世纪到17世纪之间，好几个领域里的科学家第一次取得了在一千多年时间里真正重大的一些进步。维萨里纠正了加伦的一些解剖学错误；哥白尼证明了太阳系的日心说；伽利略发现月球上有山，银河系是由各个单独的恒星组成的；哈维发现了血液循环；阿格里科拉对矿物学作