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装饰品，即写篆隶章草，有何不可？（蔡元培：《我在北京大学的经历》）
他虽然主张“兼容并包”，但仍坚持自己的新文化主张：“我素来不赞成董仲舒罢黜百家独尊孔氏的主张。清代教育宗旨有‘尊孔’一款，已于民元在教育部宣布教育方针时说他不合用了。到北大后，凡是主张文学革命的人，没有不同时主张思想自由的；因而为外间守旧者所反对。”（蔡元培：《我在北京大学的经历》）
当时守旧派的代表人物林纾，在《公言报》发表致蔡元培的公开信，对北大的办学方针提出挑战。他攻击新式教育“尽反常轨，侈为不经之谈”。“覆孔、孟，铲伦常为快”，认为提倡白话文“尽废古书，行用土语为文字……则凡京津之稗贩，均可用为教授矣”；他还告诫蔡元培说：“大学为全国师表，五常之所系属”，“今全国父老以子弟托公，愿公留意，以守常为是”。他在《学衡》杂志发表的另一版本公开信中，更大骂“神圣学校，几为万恶之府矣”，“不顾是非利害，不计将来之效果，信口狂言，以全国天真烂漫之少年，为其试验品。为其功利名誉之代价，是可忍孰不可忍！”
蔡元培立即发表公开信回击，驳斥林纾的造谣诬蔑。他指出林所责备者“不外两点：一日‘覆孔、孟，铲伦常’，二日‘尽废古书，行用土语为文字’”。他要求林纾提出证据，北京大学教员在校内校外，何时何地发表过“覆孔、孟，铲伦常”的言论？他还举证指出，北大教员中研究孔孟乃至尊孔的大有人在，至于教员在《新青年》杂志中，“偶有对于孔子学说之批评，然亦对于孔教会等托孔子学说以攻击新学说者而发，初非直接与孔子为敌也”。“白话与文言，形式不同而已，内容一也”；蔡元培还以子之矛攻子之盾，指出严复翻译西方学术著作，林纾翻译外国小说，都是由白话译成文言，“公能谓公及严君之所译，高出于原本乎？”林翻译过《茶花女》、《迦茵小传》、《红礁画桨录》等言情小说，亦曾在各学校讲授古文及伦理学，如果有人以此“诋公为以此等小说体裁讲文学，以狎妓，奸通，争有妇之夫讲伦理者，宁值一笑欤？”
蔡元培在这封公开信中，重申了自己的办学原则：
（一）对于学说，仿世界各大学通例，循“思想自由”原则，取兼容井包主义，与公所提出之“圆通广大”四宇，颇不相背也。无论为何种学派，苟其言之成理，持之有故，尚不迭自然淘汰之运命者，虽彼此相反，而悉听其自由发展。
（二）对于教员，以学诣为主。在校讲授，以无背于第一种之主张为界限。其在校外之言动，悉听自由，本校从不过问，亦不能代负责任。（蔡元培：《致《公言报》函并答林琴南函》）
北京大学“思想自由，兼容并包”的宽松环境，“教育独立”理念下的制度改革，学生自治下的自由结社……没有这些元素的存在，也就不会有五
四运动和五四精神。
保护学生，去职复归
蔡元培在北大推行的教育改革，一直受到北洋安福系政客的攻击。他发表致林纾的公开信后四十七天，北京爆发了五四运动。
1919年春，中国以战胜国的地位出席巴黎和会，却未能废除列强在华特权及袁世凯与日本签订的《二十一条》密约。5月1日，外交失败的消息传到北京，次日，研究系的林长民在《晨报》发表《外交警报敬告国民》，披露了这一消息。同日，蔡元培也将北京政府密令签约的内幕告知北大学生罗家伦、傅斯年，并召集全校教职员开会商讨挽救之策。
5月4日北大学生结队出发请愿时，蔡元培有过劝阻之举，但很快就放弃了。他一向主张“读书不忘救国”，同时也认为：“学生在学校里面，应以求学为最大目的，不应有何等政治的组织。其有年在二十岁以上，对于政治有特殊兴趣者，可以个人资格参加政治团体，不必牵涉学校”。过去他也曾两次劝阻过学生游行，但这一次态度不同：他在电话中回答教育总长傅增湘说：“学生爱国运动，我不忍阻止。”
游行学生焚烧曹汝霖住宅、痛殴章宗祥的事件发生后，蔡元培全力营救被捕学生，尽到了一位大学校长的天职。当时北大师生齐集法学院大礼堂商议营救办法，蔡元培在询问了学生受伤和被捕情况后说：“我做校长的有责任保护我的学生。我要救出这三十几个学生来。你们现在都回教室，我保证尽我最大的努力。”
5月5日，教育部下令要求各校校长将为首滋事学生一律开除。当日下午，蔡元培等十四所大专院校校长在北大开会，认为事件“乃多数市民运动，不可让被拘少数学生负责。若指此次运动为学校运动，亦当由各校校长负责”，蔡元培表示“愿以一人抵罪”，当场议决成立校长团，向当局请愿营救。5月7日北京政府迫于全国舆论压力，释放了被捕学生，蔡元培亲率全体师生到北大红楼前广场迎接。
北洋当局认为蔡元培是学潮的幕后指使人，内阁会议上提出了解散北京大学，撤换蔡元培等主张，教育总长傅增湘也遭众人围攻。被捕学生安全返校后，蔡元培为承担责任，于8日提出辞呈。同日，北京政府内定由马其昶取代蔡元培，并下达三道命令：查办北京大学校长，将已释放的学生送交法庭，整饬学风。其中查办令因傅增湘拒绝副署未能公布。在这种情势下，蔡元培决定挂冠出走。
5月9日清晨，蔡元培离开北京，经天津南下上海，转抵杭州。他发表出京启事表明心迹说：“我倦矣！‘杀君马者道旁儿。”民亦劳止，汔可小休’。我欲小休矣！北京大学校长之职，已正式辞去；其他有关系之各学校、各集会，自五月九日起，一切脱离关系。特此声明，惟知我者谅之。
蔡元培挂冠出走后，北大师生一再向教育部请愿，要求挽留蔡校长，其他院校师生也一齐声援。北京各大专院校校长同上辞呈，表示与蔡共去留。5月19日，北京学生总罢课。五四运动的影响播及全国，引发了全国学生的罢课，工商各界同仇敌忾，以罢工罢市作为声援。北京政府迫于压力，下令慰留蔡元培，罢免曹汝霖、章宗祥、陆宗舆，电令中国代表团从缓在巴黎和约上签字。
6月15日，蔡元培发表《不肯再任北大校长的宣言》，提出：一、我绝对不能再作那政府任命的校长；二、我绝对不能再作不自由的大学校长；三、我绝对不能再到北京的学校任校长。
蔡元培在痛陈教育官僚化的种种积弊后指出：“我是个痛恶官僚的人，能甘心仰这些官僚的鼻息么？我将进北京大学的时候，没有想到这一层，所以两年有半，天天受这个苦痛。现在苦痛受足了，好容易脱离了，难道还肯投入进去么？”
他强调：“思想自由，是世界大学的通例。得意志帝政时代，是世界著名开明专制的国度，他的大学何等自由。那美、法等国，更不必说了”；“北京大学，向来受旧思想的拘束，是很不自由的”，自己到任后稍稍有所革新，就被守旧势力视为“洪水猛兽”，“又不能用正当的辩论法来辩论，鬼鬼祟祟，想借着强权来干涉。于是教育部来千涉了，国务院来干涉了，甚而什么参议院也来干涉了，世界有这种不自由的大学吗？还要我去充这种大学的校长吗？”
他认为“北京是个臭虫窠”，“无论何等高尚的人物，无论何等高尚的事业，一到北京，便都染了点臭虫的气味。我已经染了两年有半了，好容易逃到故乡的西湖、鉴湖，把那个臭气味淘洗干净了。难道还要我再作逐臭之夫，再去尝尝这气味么？”
这三个“不”字，真是掷地有声。有学者总结说，蔡元培提出了中国现代大学的三项基本原则：第一，大学应当是独立的和自主的；第二，大学应当具有思想自由和学术自由；第三，大学学术与思想自由需要相应的自由的社会政治环境。
五四运动的目标实现后，各校秩序恢复，因蔡元培拒绝回任，北京大学群龙无首。北京政府曾一度任命胡仁源继任北大校长，但因学生反对不能到校。北京教育界及北大师生派出代表，到杭州恳请他回校。蔡元培回忆说：“各方面都要我复职。我离校时本预定决不回去，不但为校务的困难，实因校务以外，常常有许多不相干的缠绕，度一种劳而无功的生活……但是隔了几个月，校中的纠纷，仍在非我回校，不能解决的状态中，我不得已，乃允回校。”（蔡元培：《我在北京大学的经历》）
蔡元培最终应允复职，只做北京大学师生的校长。他向全国学联代表发出“读书不忘救国，救国不忘读书”的忠告，并发表《告北大学生暨全国学生书》，提出学生救国，重在专研学术，不可常为救国运动而牺牲。9月20日，蔡元培重回北大视事。到校后，他在全体学生欢迎会演说，重申民主治校的理念：“德国大学学长、校长均每年一换，由教授会公举；校长且由神学、医学、法学、哲学四科之教授轮值；从未生过纠纷，完全是教授治校的成绩。北大此后亦当组成健全的教授会，使学校决不因校长一人的去留而起恐慌。”（蔡元培：《我在北京大学的经历》）
蔡元培从1917年出任北京大学校长，到1927年离任，其间因出国考察等原故，实际主事五年半，后期多由蒋梦麟代理。他在十年半的任期内，因各种政治原因，曾七次提出辞职，毫无恋栈，足见他从来就不是一个教育官僚。1927年南京国民政府成立后，在蔡元培、李石曾等的推动下，成立了中华民国大学院，蔡元培出任院长，在全国推行大学院区制度，以贯彻他的“教育独立”构想，但实行两年后，即在国民党内外各方的反对下归于失败。此后，他出任中央研究院院长，直到逝世。
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