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53；《“现代误读”的继续》；《二十一世纪》2001年4月号，页120…124
54；《学术与社会的互动有感》；《读书》2001年5期，页126…129
55；《陈寅恪学术表述臆解》；《文史知识》2001年6期，页75…80
56；《打倒与建立：也说学术打假》；《东方文化》2001年6期，页89…92
57；《留学生读什么书：20世纪20年代的一次讨论》；《开放时代》2001年9月号，页69…75
58；《从文化视角看辛亥革命前夕的派别分野》；《文史知识》2001年9期，页21…26
59；《学会共处：“双不赢”未必即“双输”》；《开放时代》2001年10月号，页43…50
60；《好书告诉你（二则）》；《中华读书报》，2001年11月28日，11版
61；《国粹与欧化：从清季到民初的观念传承》；《读书》2002年1期，页52…58
62；《损之又损：以简化的方法保存传统》；《文史知识》2002年1期，页31…43
63；《社会心态的“贫寒子弟化”：从有与无的比较说起》；《开放时代》2002年1期，页110…113
64；《学者立言宜谨慎》；《东方文化》2002年2期，页54…57（《中国社会科学文摘》2002年4期）
65；《与〈光明日报〉记者谈史学》；《光明日报•；与名师对话栏》2002年3月21日？版
66；《近代中国学术分科的演变》；《光明日报》2002年3月26日B4版
67；《学术规范的主要目的是建设而非防弊》；《开放时代》2002年2期，页93…99
68；《探索学术与思想之间的历史》；《四川大学学报》2002年3期，页86…91（《中国社会科学文摘》2002年6期）
69；《陈寅恪谈史料解读》；《文史知识》2002年4期，页85…93
70；《人鬼共舞：学术的多重围城式表现》；《东方文化》2002年4期，页87…92
71；《整理国故与文学史研究——跋胡适的一封信》；《中国社会历史评论》第4卷（2002年10月），页465…472
72；《通过日本认识西方的梁启超》；《南方周末》2002年11月28日C22版
73；《中国现代史上的自由主义》；《二十一世纪》2002年12月号，页154…157
74；《走火入魔的“学术打假”》；《开放时代》2003年1期，页150…152
75；《日记中的民初思想、学术与政治》；《东方文化》2003年2期，页24…30
76；《音乐与史学》；《读书》2003年6期，页37…43
77；《以平常心见证历史时刻》；《北京大学学报》2003年3期，页37…41
78；《文明的输入与输出：两个质疑留学的留学生》；《东方文化》2003年4期，页13…20
79；《不改原有之字以开启“相异的意义体系”》；《社会科学研究》2003年4期，页116…123
80；《史无定向：思想史的社会视角稗说》；《开放时代》2003年5期，页140…146
81；《论文评审与学术创新》；《文史知识》2003年9期，页81…89
82；《语语四千年：傅斯年眼中的中国通史》；《南方周末》2004年4月8日D30版
83；《原来张之洞》；《南方周末》2004年6月17日D29…30版
84；《姑妄言之——历史专业本科生可读的一些书》；《南方周末》2004年7月1日D30版
85；《非常威尔逊——疾病与历史》；《南方周末》2004年8月12日D29版
86；《学术的“对手方”》；《历史研究》2004年4期，页18…20
87；《评〈中国近代思想与学术的系谱〉》；《中研院中国文哲研究所集刊》25期（2004年9月），页375…377
88；《数千年中大举动：科举制的废除及其部分社会后果》；《二十一世纪》2005年6月号，页11…19
89；《国器章太炎》；《南方周末》2005年8月11日D29版，7500字
90；《尝试大同：讲述老百姓的故事》；《社会科学研究》2006年2期，页191…193（《中国社会科学文摘》2006年2期）
91；《从新文化运动到北伐的文化与政治》；《社会科学研究》2006年4期，页138…143
92；《尝试梦想的胡适其人》；《万象》8卷2期（2006年5月），页107…116
93；《陈寅恪文字意趣札记》；《中国文化》第22期（2006年5月），页175…186
94；《从国际发现中国历史》；《二十一世纪》2006年6月号，页
95；《向罗荣渠师请益摭忆》；《书城》2006年7期，页82…85
96；《昨天与世界：近代读书人的文化困惑》；《二十一世纪》2006年8月号，页117…122
97；《有计划的死：梁济对民初共和体制的失望》；《南方周末》2006年11月30日D29版
98；《历史的不完全：新诗的历史和几成历史的新诗》；《万象》8卷9期（2006年12月），页121…129
99；《数千年中大举动：废科举百年反思》；《清华大学历史讲堂初编》，三联书店，2007年1月，页269…286
100；《越是时代的越永恒：梁启超文本的跨世纪解读》；《中国图书评论》2007年2期，页78…83
101；《史学的真问题》；《书城》2007年8月号，页42…47
102；《两岸史学与史家（访谈）》；《思想》（台北）第6辑（2007年8月），页123…152
103；《构建兼容并包的中国近代史学科体系》；《近代史研究》2007年5期，页17…18