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在兴办新教育上，张之洞管辖的两湖地区走在了全国的前列。他当时首先设立湖北学务处，并将湖北自强学堂改为普通中学堂，两湖书院改为大学堂（后改为高等学堂），另设有师范学堂等。事实上“癸卯学制”的出台也主要是张之洞的努力。作为少壮派官员，袁世凯也不甘落后，他设立了直隶学校司并聘请前贵州学政严修为学务总办，并在直隶地区设立小学、中学、师范、法政、工业等各级各类学堂。在地方的推动下，清廷于1904年设立学务大臣（次年改设学部），并令各省设立学务处，主管新教育事业。
但是，当时发展新教育的困难也是很多的，譬如合格的师资、教学设备和经费都极其缺乏，其中尤以师资问题最令人头疼。据后来的统计，当时大学及高等、专门学堂的教师，留学日本的占三分之一，出身科举的占四分之一；而中等学堂里出身科举的教师则占到三分之一，小学堂更是占到一半左右。师资教育背景的限制，加上大多数学堂都是在原先的书院基础上建立，新政时期的教育也就难免带有传统教育的颇多痕迹了。
为了解决西学人才的匮乏问题，清廷随之大力提倡留学教育，其中又以留学日本为热潮。在新政之前，留学日本的学生很少，在1896年也不过十来个人。后来张之洞在《劝学篇》中极口称赞留学外国效果大，说“出洋一年，胜于读西书十年；入外国学堂一年，胜于中国学堂三年。留学之国，西洋不如东洋，以路近费省，文字易晓，西书多已删繁存要；中、日情势风俗相似，不难仿行”。在张之洞的影响下，当时人出国留学的首选地便是日本。日本驻华公使矢野文雄也在其中大力推动，并称愿为每年接纳二百名学生前往日本提供便利。
后来，清廷更是积极推动官费留学，鼓励自费留学，并对学成回国经考核合格的留学生分别赐给进士、举人、贡生等相应出身，在用人的时候予以优先任用，一时间使得海外留学掀起了热潮。由此，留学日本的人便开始激增，1905年的在日留学生达到数千人，第二年甚至接近一万，因为人数增加过快，有三千多人甚至无法正常入学。
当时留学西洋的也有，但人数远不如日本。十九世纪七十年代，中国本来选派了数批幼童前往美国留学，后来因为各种原因撤回，后来去欧美留学的大都为自费或者教会选派，人数也很有限。清末新政后，朝廷和各省也选派了一些留学生前往英、法、德、俄、比等国学习。
特别值得一提的是，美国减收庚子赔款后，将退款用于资助中国选派的留美学生，平均每年六十名。为此，当时在北京西郊清华园还设立了游学肄业馆（后改名清华学堂，即清华大学的前身），专门负责选派赴美留学生。插句题外话，当时留学欧美的人数虽少，但质量却远高于留学日本的学生，他们大都完成了大学教育甚至拿到更高的学位，如赴美留学生；而留日学生参加的大都为速成班，鱼龙混杂，参加革命的倒为数不少。有例为证，1906年清廷举行归国留学生考试，参加考试大多为留日学生，却无一及格，而及格的前五名均为留美学生。
虽然有很多困难，但新式学堂与出洋游学还是让新政时期的教育有了飞速的发展。据当时学部统计，1904年全国的学堂总数为四千多所，学生总数为9万多人。到了1909年，学堂总数增长为5万多所，而学生总数扩展到156万名，其发展速度不可不谓惊人（现在的扩招与之相比，简直不可同日而语）。
新政推行者本以为废除科举会遭到那些传统士绅们（特别是已经获得一定功名的）的强烈反对，但事情的发展却出乎意料的顺利，根本没有发生决策者所担心的事情。相反，那些有钱有势的士绅们非但没有阻挠，反而极为热心的加入到兴办学堂甚至留学海外的热潮中去。这又是为什么呢？
原来，在废除科举、推行新教育的同时，朝廷注意到新旧的衔接，采取了逐步替代的战略，这其中主要采取了这么几个措施：一是在1906年颁布《举贡生员出路章程》六条，广开门路，尽量安排原有的贡员、举人和生员，以稳定那些上了年龄又难以接受新式学堂的那部分士人；二是在兴办新学堂的时候，各级毕业生，从高小到大学，都分别授予附生、举人、贡生和进士的相应功名。这些举措使得那些士绅们得到些许安慰并机敏的停止了抵抗，反而积极投身于新学堂的建设中去，以此来弥补他们在功名上的损失。另外，从1905年开始，学部每年举行一次游学毕业生考试，通过者分别授予进士和举人功名，这也是让很多士绅及其子女对留学趋之若鹜的原因之一。
废除科举制度，不仅仅是人才选拔方式和教育制度的变化，它更是一种社会的变革和对传统社会结构的分解，其影响远远超出了科举和教育本身。从短期来看，废除科举在推动社会进步的同时，也埋下了社会动荡的种子。正如萧功秦先生在其著作《危机中的变革》中指出的，“废除科举制度导致了中国历史上传统文化资源和新时代价值之间最重大的一次文化断裂”，这种制度资源的丧失，同时也为清廷的覆灭起到了釜底抽薪的反作用。
萧功秦先生的话很有道理。中国古代的那些王朝之所以稳定，其关键因素就在于有科举制度。因为有科举制度，这样皇帝就有一大批的读书人来支持他，而且这个社会有一个相对公正的的机会来保证读书人向上流社会流通，由此也构筑了传统社会的一种超稳定结构。作为一个反例，蒙古人不重视读书人和科举，而专门倚重本族人，这也是元朝之所以短命的原因之一；而与之相反的是，清朝虽然也是异族人统治，但却极其重视科举考试，而且满汉不断融合，所以清朝能够坚持近两百六十年。
历史总是这样，顺之者昌，逆之者亡。清末科举制度的废除把士子们推向了时代的洪流，不管你是惶恐，还是哀怨，或者愤懑，这终究是不可改变的历史定数。但清廷没有想到的是，废除科举也让那些士子们失去了对朝廷的忠心（因为不需要通过这个来做官了），在随后的革命浪潮中，他们大多袖手旁观，甚至反戈一击，这一顺一逆之间，还真有点说不清楚呢。
三、机构大调整，晚清走向近代化
清朝建立以后，其中央权力机构沿用的是明朝的内阁加六部制度。所谓六部，指的是中国传统的吏部、户部、礼部、兵部、刑部和工部。雍正即位以后，用军机处架空了内阁，变成军机处加六部的结构。进入近代社会后，清廷为了适应新形势的需要，在传统的六部之外特设立一个新部门，即“总理各国事务衙门”，也就是人们常说的总理衙门。
总理衙门是专门和外国人打交道的外交机构，但后来其功能越来越广泛，包括洋务运动的兴办实业、派遣留学生等，都在它的管辖范围之内。庚子年后签订的《辛丑条约》更是大大提升了总理衙门的地位，清廷在外国人的要求之下，将总理衙门改名为外务部，并列于六部之首。在当时，估计就再没有比和洋人打交道更重要的事情了。
新成立的外务部还有一大创新，那就是部中不分满汉，领导职位只设立一尚书两侍郎，打破了原先六部中设置满汉尚书和侍郎两套班子的制度。这一举措，等于是打破清朝沿袭了近两百多年的祖制，而外务部的变化，实际上也是后来的机构改革之先声。
为了适应新政的要求，清廷开始设立新的领导机构。1903年9月，为了振兴商务、发展实业，清廷在六部之外又成立了一个新的商部，其职能不仅仅局限于商业，还包括实业（工业）和农业。后来，商部又将老的工部吸收合并，新成立的部门称为农工商部，成为一个负责全国经济发展的中央部门。与此相对应，地方上也纷纷成立了农工商局，作为地方上的经济管理机构。
在一个长期奉行农本商末为基本国策的国度里，从事商业和实业的人即使富有四海，也一向被那些羞于谈利的士人们所蔑视，但这次不一样了，当时农工商部的地位仅次于外务部，足见朝廷的重视程度。清廷公开倡导并奖掖实业，这在中国历史上是破天荒的第一次，就连那些朝廷大员们也不再羞于谈及商业和利益，都与时俱进了。
鉴于旧式军队毫无用处，清廷在商部成立后的次月又设立了一个新部门，这就是主管全国编练新军的练兵处。练兵处有庆亲王奕劻总负责，袁世凯和铁良协助办理。练兵处的成立，为袁世凯练就北洋军阀提供了天赐良机，这是后话（在下一节作详细阐述）。后来在清廷的中央官制改革中，兵部更名为陆军部（海军部另设），练兵处也被归并其中。
紧接着，清廷又成立了财政处，作为中央财政管理机构，在中央官制改革前，财政处主要负责清查各地财政收入；中央官制改革后，财政处与户部合并，成立一个新的部门，即度支部（相当于现在的财政部）。1905年10月，清廷又决定成立巡警部（后改名民政部，相当于现在的公安部），以管理全国的警察并负责各地的治安，取代原先的地方保甲制度。同年12月，由于科举制度被废除，为了适应新教育体系的要求，清廷又成立了学部（相当于现在的教育部），并将原先的国子监吸收合并。为了法制交通和通讯，后来清廷又设立了邮传部。经过这些变化后，原先的六部制已经是支离破碎，这也为后来的中央官制改革提供了契机。
1906年11月，清廷进行中央官制改革，除内阁和军机处仍旧不变外，新设立或改名称的有11个机构，即外务部、学部、民政部、度支部、陆军部、法部、农工商部、邮传部、海军部、军咨府、资政院、审计院，新政时期的机构调整规模可谓前所未有。至此，隋唐以来的传统六部建置便不复存在，在这些机构里，清廷废除原先的满汉尚书双人负责制，而实行单一的领导制，革除“数