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清初，北疆以伊犁为中心的厄鲁特蒙古，南疆由察合台后裔所立叶尔羌（今莎车）汗国，先后臣服。清朝平定准噶尔部和大小和卓之乱后，于乾隆二十四年（1759）统一新疆全境。乾隆二十七年设总统伊犁等处将军于惠远城（今霍城县南），为新疆最高军政长官。实行军府制，总统各地驻防旗、绿各营官兵，兼理外藩交涉。下辖乌鲁木齐都统、伊犁参赞大臣、塔尔巴哈台（今塔城）参赞大臣、总理回疆事务参赞大臣等。
乌鲁木齐都统，乾隆三十八年由参赞大臣改设，兼辖甘肃省镇迪道（镇西，今新疆巴里坤；迪化，今新疆乌鲁木齐）及其所属各府、厅、州、县，又辖安肃道属之哈密厅。境内多陕西、甘肃等省移居回、汉族屯田户民及商民，以郡县制统治之。
总理回疆事务参赞大臣，乾隆二十四年初设于喀什噶尔（今喀什），三十一年移乌什，五十一年移喀什噶尔。道光十一年（1831）移叶尔羌，辖南疆八城办事、领队大臣。其中：喀什噶尔、英吉沙尔（今新疆英吉沙）、叶尔羌（今新疆莎车）、和阗（今新疆和田），称西四城；呵克苏、乌什、库车、喀喇沙尔（今焉耆），称东四城，合称回疆八城或南八城。民政事务依维吾尔族旧俗，由阿齐木等各级伯克自理。伯克定为三至七品，由参赞大臣奏请朝廷补放。
伊犁参赞大臣，乾隆二十七年设，协助伊犁将军管辖本境军政事务。伊犁为首府之区，驻扎满营、绿营等兵。又自东北、内蒙移锡伯、索伦、察哈尔、厄鲁特四营，携眷驻防耕牧，各设领队大臣等官治理；又移南疆维吾尔族农民屯田，设阿奇木伯克治理，均受参赞大臣统辖。塔尔巴哈台参赞大臣，乾隆三十七年设。初置雅尔（今苏联乌尔扎尔），旋移楚呼楚（今塔城县治），管辖驻防、巡边、屯田诸务。
在蒙古、哈萨克等族牧区，任各部落首领为世袭王公，在蒙古族内更分设盟、旗；赐哈密、吐鲁番维吾尔族首领为世袭郡王。均实行扎萨克制。在布鲁特（今柯尔克孜族）牧区则循旧俗，任部落首领为比。各族王公及比均受制于当地大臣。
咸丰元年（1851），俄国迫使清政府订立《中俄伊犁塔尔巴哈台通商章程》；同治三年（1864）又逼签《中俄勘分西北界约记》。同年，新疆各族人民起义爆发，伊斯兰教头目和封建伯克拥兵称王，形成以库车、乌鲁木齐、伊犁、和阗等城为中心的割据政权，相互攻伐。1865年，浩罕阿古柏入侵，占南疆全部及乌鲁木齐等地（见阿古柏事件）；1870年，俄兵侵占伊犁。光绪二年（1876），清兵出关，收复乌鲁木齐及南疆各地；七年，订立《中俄伊犁条约》，虽收复伊犁，但俄国通过这项不平等条约，仍割去巴尔喀什湖以东、以南五十余万平方公里领土；并在伊犁、塔尔巴哈台、喀什噶尔、乌鲁木齐开设领事馆与贸易圈。二十一年，俄国又违约强占萨雷阔勒岭以西帕米尔。
光绪十年，新疆废旧制而建行省，隶于陕甘总督。首府东移迪化。置镇迪、阿克苏、喀什噶尔、伊塔四道，哈密厅改隶镇迪道。后续经调整添设，至清末共置迪化、伊犁、焉耆、温宿、疏勒、莎车六府，以及八直隶厅、二直隶州、一散厅、一散州、二十一县、二分县。伯克制正式取消，新疆全境行政建制得以统一。保留伊犁将军，辖伊塔边防、兼辖伊塔道，以塔尔巴哈台参赞大臣佐理之。
（纪大椿）
新疆各族
新疆各族
清代生活在新疆地区的维吾尔、柯尔克孜、塔吉克、哈萨克、蒙古、回、汉、满、锡伯、索伦等十多个民族。
生息在新疆的各个民族，按宗教信仰区分，维吾尔、柯尔克孜、哈萨克、塔吉克、回等民族信仰伊斯兰教，蒙古、满、锡伯等民族信奉藏传佛教；按社会经济生活区分，蒙古、哈萨克、柯尔克孜、塔吉克等族以游牧业为主，其他民族以农业为主；按分布地区，维吾尔族主要居住于南疆，柯尔克孜族居于南疆西部，塔吉克族居住于帕米尔高原，蒙古族和哈萨克族主要居住在北疆，锡伯族集居于伊犁，满、回、汉等族散居于天山南北。至于社会性质，则新疆各民族都已陆续进入封建社会，农奴制不同程度地存在于农村和牧区。到了清代晚期，又都遭受帝国主义的侵略压迫，同处于半封建半殖民地社会。
维吾尔族新疆的主体民族。历史上的回纥、回鹘、畏兀儿等都是该民族自称Uighur的不同音译。信仰伊斯兰教。分布在哈密、伊犁及南疆各个绿洲，经济生活以农业为主。17世纪曾建立以叶尔羌（今莎车）为首府的汗国，与明王朝通贡使。顺治三年（1646），叶尔羌汗国向清王朝递表纳贡，后因为汗国内乱等原因，朝贡曾两度中断。在这期间，厄鲁特蒙古四部之一的准噶尔部逐渐强大，于康熙十七年（1678）越天山灭叶尔羌汗国。准噶尔部首领继续扩张攻掠，导致西北地区动乱。清政府决定派兵平定准噶尔游牧贵族的分裂叛乱活动。三十五年，哈密维吾尔族首领额贝都拉首先脱离准噶尔投附清朝。五十九年，吐鲁番维吾尔族首领额敏和卓亦离准附清。他们及其后裔都受到清朝的册封。
乾隆二十年（1755）清军攻至伊犁，被准噶尔胁迁伊犁的南疆各地维吾尔族首领纷纷降附清朝，并奉旨返回南疆招降旧部。二十四年，清政府平定大小和卓之乱，统一新疆。乾隆二十七年，清政府在新疆实行军府制统治。设立伊犁将军，为新疆最高军政首脑；在南疆各城设置参赞大臣和办事大臣。在维吾尔地区的各级大臣只管军政不理民事。民政事务仍由各级伯克自理。同时劳动人民的负担也有所减轻。因此，在清朝统一新疆之后，除乌什维族起义外，在将近一个世纪之内，社会基本安定，生产有所发展。
19世纪中叶以后，新疆各族人民开始遭受帝国主义和封建主义双重的剥削和压迫。在太平天国和陕甘回民起义的影响下，同治三年（1864）掀起了规模空前的武装起义（见新疆各族人民起义），除哈密等地以外，各地农民起义沉重地打击了清政府在新疆的统治以及它所支持的伯克制度。但与此同时，各地伊斯兰教头目也乘机打着“圣战”的旗号，篡夺农民起义的领导权，建立政教合一的地方割据政权，相互争夺地盘和权力，使各地陷入纷争不息的战乱之中。
在反抗外来侵略的斗争中，维吾尔族人民曾经作出过卓越的贡献。19世纪二三十年代曾英勇抗击受到浩罕支持的张格尔（Jihangir）、玉素普（Muhammed Yusup）的连续寇边。60年代人民起义时又驱逐了为非作歹的伊犁、塔城的俄国领事和商人。70年代，维吾尔等各族人民协助和配合清军消灭阿古柏匪帮（见阿古柏事件）。光绪七年（1881）年收回伊犁。但包括维吾尔一些屯田村庄在内的霍尔果斯河以西地区却被沙俄所割占。
光绪十年，新疆建立行省，全境行政体制统一，正式废除了伯克制度。至此，维吾尔农村长期沿续下来的徭役制剥削迅速过渡为徭役地租和实物地租相结合的剥削形式——无偿劳役与对分制。农民获得一定人身自由，有利于生产发展和社会进步。但哈密地区则仍然保留以哈密王为首的领主制度，反对哈密王徭役制剥削的斗争在三十三年重新高涨。1912年爆发武装起义，直到1931年，终于迫使当时的省政府取消王制，改归哈密县管辖。
柯尔克孜族清代文献中沿用厄鲁特蒙古对他们的称呼，称之为“布鲁特”（Bruth）。古史上的坚昆、契骨、黠戛斯、吉利吉思等，都是该民族自称Kergez中的不同汉文译音。
17世纪，柯尔克孜人自叶尼塞河南徙天山，同原先在此游牧的一支相合。柯尔克孜以天山为界分为东西两部，东部牧于伊犁西南，西部牧于喀什噶尔（今喀什）以北、以西，最远与布哈尔（今布哈拉）为邻。信仰伊斯兰教，经济生活以游牧业为主。清政府统一新疆过程中，东西两部先后于乾隆二十三年和二十四年臣属清朝，并派兵配合作战和充当向导。经清政府特准，许多柯尔克孜族头目率众徙居境内，在特穆尔图淖尔（今伊塞克湖）以及吹、塔拉斯（今苏联江布尔）一带游牧，交纳牧税。还参加清军巡查边界的活动。
东部柯尔克孜受伊犁将军兼辖，西部柯尔克孜受喀什噶尔参赞大臣兼辖。清政府对各部落中原有的比（Bi，一译毕，相当于维吾尔族的阿奇木伯克）及阿哈拉克齐（Akhalakhqi，即千户长）等头目，授以三品至七品的品秩，并派放一个比为二品散秩大臣，以统率各部。第一位散秩大臣是乾隆二十四年（1759）派放的希布察克部落的比阿其睦（Xakim），次年又授为阿喇古（今哈拉贡，在喀什以北）的阿奇木伯克。许多头目都按清政府的规定到北京去朝觐皇帝，领受封赏。嘉庆二十年（1815），清政府在处理喀什噶尔孜牙墩（Ziauddin）事件中，无故错杀柯尔克孜世袭二品顶戴比图尔第迈木特（Turdi Mehmut），后来又连续几次对柯尔克孜部落头人处置失当，引起他们的不满，转而多次参与和卓后裔的入寇骚乱活动。道光五年（1825）沙俄侵略势力渗入特木尔图淖尔地区，以后又大肆威逼、煽诱柯尔克孜人脱离清政府加入俄国国籍。同治四年（1865）阿古柏侵入新疆，包括柯尔克孜在内的新疆各族人民为收复家园而奋勇杀敌。当清军收复喀什噶尔时，柯尔克孜各部首领向清军带兵大员郑重表明他们仍属清朝臣民。但是，根据光绪七年（1881）《中俄伊犁条约》及据此所订各界约，特穆尔图淖尔等地广大柯尔克孜牧区都变成俄国土地，留在中国境内的仅有今天克孜勒苏柯尔克孜自治州的一小部分柯尔克孜族人。
塔吉克族 居帕