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另一极端的无政府状态的实验室则存在不同性质的弊病。在完全没有指导的情况下，除了最能干的工作人员之外，大家都面临做什么以及怎样去做的问题。他们不得不过分依赖自己的才智。鉴于科学工作一般说来都很难搞，个人的才智可能是十分无济于事的。这类实验室容易培养出一批科学隐士。他们相互妒忌，偷偷摸摸地一个人独自进行自己的研究工作。
这两个极端类型之间还有一种比较能够互相合作的安排。主任和研究人员经常正式地或非正式地互相商量，研究工作的一般进展情况和派个别人员去解决某种共同性难题的办法。显然最后一种类型同可以避免内部浪费的组织方式最为接近。不过在目前，共同合作进行研究的实验室还是凤毛麟角。只有遇到一位有极大预见力和愿意把权力下放的主任时，才能有这样的实验室。这种人在科学界中仍然太少。除了为数寥寥的几所这种类型的实验室之外，一般实验室都没有长远的多年综合规划或工作方案。由于除了笼统了解之外就无法知道实验室正在做什么工作或者将要做什么工作，所以不可能使这些工作和其他地方类似的一些实验室的工作或者同一地方的各种不同的实验室的工作配合起来。因此，本来可以通过共同努力来研究的许多普遍性的科学问题只得由个人分散进行，而且工作的成果总是不完整，不得不吃力地从许多分散的来源凑集起来。
大学实验室 迄今所谈的大体上适用于一切实验室工作，不过各种不同类型的机构的实验室又各有特殊的缺陷。除了某些突出的例外，大学实验室的主要缺陷是规模小、设备不足。使用火漆和绳子来进行科研的说法就是从这些地方产生的。研究手段的缺乏到处妨碍着工作：无法雇用新的助理人员、可能要经过好几年才能获得一次补助金来购买一件仪器。最后，工作成绩十分令人失望，因而使一些课题的研究工作变得疲疲塌塌。如果我们说我国几乎有一半大学实验室处于这种状况，那也许并非过甚其词。由于把力量分散到数目众多的实验室，这种倾向就更加严重了。这种分散是极为不经济的；由于无法共同利用设备，不得不无谓地重复购置设备，还缺乏联系和相互激励。只是靠了科学学会才部分地补救了这个缺陷。
大学科研工作的另一特有的缺陷是教学对科研的干扰。
这是一个内在的困难问题，而且无法简单地予以解决。几乎可以肯定地说，一个大学教师承担一些科研任务是有好处的，即令只是为了使他在他自己的眼中和他的学生们眼中具有一个真正科研工作者的地位。在另一方面，每一个科研人员由于在一定程度上从事教学工作，学会怎样说明自己的成果，学会怎样认识科学的比较普通的方面，也肯定会得到好处。问题在于如何确定教学人员和研究人员之间的正确比例以及如何选择这两种人员，还有如何确定每一种人员用于教学和科研的适当时间分量。照目前情况看来，大学中的教学职位远比研究职位为多，几乎不可避免的结果是：有一些主要兴趣在于科研、而且只要有可能便会去担任科研职位的人员只好担任教学职务。大学教师几乎总是要末忽视了自己的教学，要末忽视了科研工作。他们不少人根本不宜于教学；还有的人感到教学的需要妨碍他们不断地考虑和关心科研工作，而这种关注则是科研工作所必不可少的。在较高级人员中，这种情况更其严重，因为他们除了有教学和科研工作之外，还有行政工作。由于时间紧迫，必然促使人们尽量挑选日常性质的工作做，年复一年内容不变的老一套的讲课要远比新开设的课程便当，于是改变课程或者改变实验室组织方式就变得几乎难以设想了。
捐赠的影响 大学科研工作特别容易遇到的另一个困难是由于大学接受捐赠而产生的。这些捐赠总是有利也有弊；除了在规模极大的大学里人们可能通过适当的巧妙办法在相当广的范围内分配捐款之外，捐款容易完全不合理地破坏学习课程的平衡。某些系营养过多，另外一些则处于饥馑状态。
由于英国的富人比较吝啬，捐款的全部弊病可以最清楚地从美国的情况中看到。然而捐款附有条件决不限于美国。甚至在我国，人们也隐隐约约但确确实实地感到施主的影响的存在。较老的大学，由于接受老的捐赠基金而这些基金又早已给施主们带来荣誉，因此，情况都很好。除了较老的大学，大学的方针与其说往往受旧施主的操纵，不如说往往受未来的施主的操纵。大学科研的发展既有赖于教授们和系主任们的科研能力，也有赖于他们从当地巨头获得金钱的能力。如果由于某些科研人员的研究活动，一个系可能受到经济损失的话，就连开明的系主任也不敢贸然雇用他们。在经济学和社会学研究方面，这些考虑尤其起作用。对其他学科来说，科研工作者的挑选和训练方法一般都足以防止这方面的令人不快的情况发生；不过这本身就是对现行制度的严厉批判。
政府办的实验室 政府控制下的科研工作的特殊困难主要是由于官僚主义的方法而产生的。政府机关和陆军的管理方法基本上不适宜于科研工作。科研总是去探索未知的事物，它的价值不是按所费时间衡量的，而是按所想出来和试验出来的新设想的数量衡量的。用记时钟记录上下班钟点的有规则的作息时间，加上每年两星期的假期，并不能帮助人们的独创性思考。科学家的工作时间极不规律。有时可能连续几个星期，每天都要工作十六或二十四小时；在其他的场合中，耗于实验室的全部时间都白费了。参加联欢会或者去爬山反而会取得最好的效果。在政府实验室中，不但工作的条件很不适宜于科研工作，而且工作本身往往也是带有日常性质的。政府办的实验室当然必须做大量的日常性质工作，不过为了完成这些工作，它们往往对人员不加区别地使用，因而，既使有前途的科研人员的才能得不到发挥，又使其他的人不敢到它们那里去工作。
受政府雇用的科学家在两方面都吃了亏。他不能享受学术界特权，又没有文职官员享受的提升机会，甚至往往得不到文职官员享有的职业保障。较高的职位仅能由拥有行政级别的人来担任，因而不少在政府工作的科学工作者都直接由一些至多略知一点科学知识的人来指导。今后的情况可能更差；高等文官考试已经取消了科学常识这个科目。同时，很大一部分科学工作者都不是固定人员，仅仅担任临时职务，或者作为进行特殊研究工作的学者或工作人员而受聘。在这种情况下，除了各种因素之外，还要加上职业无保障的因素，妨碍着人们超出规定的最低限度做更多工作。
难怪在这些条件下，不少优秀的科学工作者不愿为政府工作。几乎所有能取得大学职位的人都宁愿拿比政府所给工资低一些的工资，到大学去工作。
工业中的科研工作保密 有两个因素严重影响工业科研工作的效果。一个是笼罩着科研工作的普遍的保密气氛，另一个是科研工作者个人缺乏自由。由于任何研究都是秘密的，它当然使所有从事这种科研的人不能同外国和大学里的科学家同行们保持有效联系，甚至往往不能和同一公司其他部门的同行保持有效的联系。保密的程度自然各有不同。某些较大的厂商从事具有一般性和根本性的研究，不保密对它们极为有利。不过，许多有赖于这种研究的生产方法，在取得专利权之前却是以完全秘密的方式来探索的。还有更多的生产方法根本不申请专利，而被当作秘密方法保存起来。这一情况尤其适用于化学工业。因为，偶然的发现在化学工业中比在物理性质或者机械性质的工业中作用要大得多。有时秘密得连研究的性质也不能说出来。例如不少厂商难得从图书馆借阅科技书籍，因为它们不愿意因为借了某一本书而让人家把自己的名字记下来，唯恐其他厂商的代理人会猜出它们可能在进行什么种类的科研。作为另一个例子，我们可以举出科学工作者协会编写的《工业研究实验室》为例。这本书载有各实验室的详情、大约的支出金额、雇用的科研人员人数等等。在编写时，向450家进行科研的厂商发出了通知书。其中只有80家有回信，在这中间仅有35家提供费用的详细数字，12家甚至拒绝说明自己雇用的合格科研人员的人数。一家厂商回答说：“我厂实验室人员的姓名是永远不让人家知道的。”（参看附录Ⅲ（C））不管这种保密的方法是如何的不道德，只有当保密同进行秘密研究的人们有切身利害关系的时候，这种保密方法才有实际效果。不过在这个问题上，现行制度却害了自己。有关厂商普遍禁止使用工业科研的成果只能使科研人员灰心丧气。如果厂商由于愚蠢或则由于占有稳固的垄断地位，认为使用改进的方法不值得的话，那末研究人员就不值得费力去改进这些方法了，或者事实上，就不值得他在自己本身利益范围之外为企业操心了。科学家很少�