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然而孙冶方实事求是的科学研究态度却给自己带来了麻烦。1956年社会主义改造全面完成之后，面对公有制已经占主体地位的格局，需要回答商品生产和价值规律在中国的作用问题。孙冶方发表了著名的论文《把计划和统计建立在价值规律的基础上》，指出价值规律的作用在资本主义、社会主义和未来的共产主义都是存在的，社会主义的计划必须自觉地遵循价值规律；第二年孙冶方发表《从“总产值”谈起》，指出利润是企业经营好坏的最集中的表现。
1959年，孙冶方在巨大的压力下组织经济研究所写作《社会主义经济论》，点名张卓元作为他的主要学术助手。这是张卓元和孙冶方第一次紧密合作，从而使张卓元真正成了孙冶方的忠实追随者，而孙冶方也笑称张卓元是他的“关门弟子”。
1963年9月，孙冶方的《社会主义计划经济管理体制中的利润指标》的研究报告，成为哲学社会科学部委员会第四次扩大会议上争论的焦点。由于孙冶方竭力反对不计成本、不讲效益的企业管理制度，遭到康生、陈伯达组织的批判和围攻。他的观点被说成是修正主义的经济观点。“四清”时，工作组进驻经济所，揪出了孙冶方、张闻天“反党联盟问题”，孙冶方被打成该所“反党联盟”的头目，被免去职务，下放到农村。
由于张卓元多年来跟随孙冶方从事研究工作，他的经济理论观点受到孙冶方很大的影响。这一时期他撰写的文章中，相当一部分是对孙冶方经济理论的阐述和评述。他在1962年《江汉学报》第8期上撰文论述了价格在组织与管理社会主义经济中的意义与作用，认为成本与盈利的确定是社会主义价格形成的中心问题；价格首先是衡量社会劳动消耗的工具，同时也是再分配国民收入的杠杆；主张按照社会价值和社会成本来制订价格，以充分运用价格在社会经济生活中的杠杆作用。1964年，他与何建章合作著文，系统地论述了以资金利润率作为评价社会主义经济活动的标准。以生产价格为基础的价格主张遭到批判，孙冶方在红旗杂志社召开的批判会上，主动走上台说：“不要再批判他们了。他们的文章阐述的是我的观点，干脆你们就冲我来吧！”
1975年4月，孙冶方获得平反，1977年后担任中国社会科学院经济研究所顾问。为了及时挖掘孙冶方的研究成果，经济研究所专门成立了一个小组，由张卓元和吴敬琏负责，协助孙冶方整理《社会主义经济论》。
1979年4月，孙冶方带着张卓元的课题写作小组去了无锡，并参加了全国价值规律理论问题的专题讨论会。然而4个月后孙冶方被查出患了肝癌。为了集中抢救孙冶方的学术遗产，经济研究所领导决定增加张卓元课题组的工作。张卓元除领导课题组的工作外，还抓紧时间在病房旁听孙冶方的口授、录音，经过一年的录音整理工作，完成了《社会主义经济论》大纲20余章的初稿写作。
1982年9月，孙冶方参加了党的第十二次全国代表大会以后，病情恶化。他躺在病床上想写一篇关于实现20世纪末战略目标问题和批评“基数大、速度低”消极论调的文章，但由于精力不济，只好向张卓元口授了他的主要精神和内容，请弟子代他完成。张卓元起草了《二十年翻两番不仅有政治保证而且有技术保证——兼论“基数大、速度低”不是规律》的初稿。张卓元拿着草稿来到医院，在病床前一句句地给孙冶方念，请他提出修改意见。经过几次反复修改，这篇文章发表在当年11月19日的《人民日报》上，得到了中央高层领导的肯定。
1983年，我国杰出的经济学家孙冶方离开了人世，临终前，孙冶方把他的最后一部专著《社会主义经济论稿》的编辑工作交给了他的弟子张卓元以及刘国光、林青松等人。在他们的努力下，这部书稿于1985年由人民出版社出版。
张卓元1983年7月调到社科院财贸经济研究所任所长、研究 员；1993年12月调到社科院工业经济研究所任所长。1995年9月他回到经济研究所，继承了孙冶方的职位，担任所长。
与张卓元一起共事的经济所同仁发现，张卓元有着老所长身上很多优秀品德和作风，总是那么谦和、执着和智慧，真不愧为孙冶方的高足。
张卓元也说：“我从50年代深受孙冶方理论的影响；60年代紧紧追随孙冶方；‘文革’后学习孙冶方精神，发展创新经济学理论；现在我还要继承和发扬孙冶方的精神、思想和理论。可以说，我在经济生涯中与孙冶方结下了不解之缘。”
第三辑 张卓元（2）
与厉以宁对阵，论述“通货膨胀”
张卓元个头较高，面目清秀，一副文质彬彬的样子，曾有人把他比成戏曲片中弱不禁风的江南才子。而在另一些人眼里，他温和的性格正与他“稳健改革派”的学术风格相得益彰。
在有人把他称作“稳健改革派”的同时，也有人把他归为刘国光的“宽松派”。但张卓元不同意“宽松派”的说法。他说，我主张实行稳健的宏观经济政策，与刘国光他们是一个思路。他认为把刘国光称之为“稳健改革派”似乎更贴切，因为“稳健改革派”要比“宽松派’内涵丰富得多，概念也严谨得多。
1990年，张卓元在《我的经济观》一书中更明确地阐述了自己“稳健”的观点。他认为，90年代，我国要实现经济发展战略的第二步目标，国民生产总值要在80年代翻一番的基础上再翻一番，人民生活达到小康水平，使经济转入良性循环。要实现上述宏伟目标，一方面，经济要在稳定中求发展；另一方面，要积极而又稳妥地逐步推进以市场为取向的改革。这样就能使经济的发展和改革互相协调，互相促进。这也是中国经济的根本出路。他同时认为，通货膨胀不能带来经济的稳定和持续发展。
关于通货膨胀问题，20世纪80年代经济学界就出现了大争论。有不少经济学家提出用通货膨胀来刺激和支撑经济的高速增长。著名经济学家厉以宁是这种观点的支持者。他在《社会主义政治经济学》一书中从理论上阐述了通货膨胀的经济作用。他说：“从总量上看，在发展中的社会主义经济中，社会总需求超过社会总供给可能是一个长期存在的问题。”“从发展中的社会主义国家的经济现实出发，摆在发展中的社会主义国家，尤其是像我国这样的发展中社会主义国家面前的一项任务是：学会在‘需求略大于供给’的环境中发展社会主义经济”。而“学会在‘需求略大于供给’的条件下进行社会主义经济建设，意味着不仅不必为经济中出现的‘财政支出略大于收入’‘信贷支出略大于收入’‘物价较缓慢上涨’‘货币供应量稍大’等等情况感到忧虑，而且要利用这种‘略大’的形式来促进经济增长，力求在不断提高的社会总需求和社会总供给的水平上使经济和社会趋于协调”。
《人民日报》1988年4月8日发表的一篇文章提出这样一个问题：宏观政策的重点是保物价还是保增长？文章认为：“如果以保持经 济增长为放在首位的宏观控制目标，则一定程度的通货膨胀也不一定都是坏事。”“今后三年，国家的宏观政策应以稳定物价为目标的需求政策，向以保持经济增长和结构调整为目标的供给政策转移。财政、金融非但不宜双双紧缩，而且应该保持适度的扩张。”
这篇文章的观点，虽然得到一些人的支持和赞赏，但却受到了张卓元等经济学家的批评。张卓元认为，通货膨胀无论是从总体上还是从长远来看，不但不能促进经济增长，而且有损于经济增长。从短期看，在存在闲置资源、闲置生产能力而又需求不足的地方，实行通货膨胀政策，的确可以起到某些刺激经济增长的作用；但是像我国，除了劳动力资源外，总的是资源短缺稀有、有效需求过量，因此，通货膨胀对经济增长的短期刺激作用小而又小，而且主要只能对投入大、产出小的乡镇企业的发展起短促的刺激作用。更重要的是，这种刺激作用是不能持久的，接着而来的是比例失调和衰退，增大经济变动的波幅，因此从长远看反而不利于经济的增长，并且会损害宏观经济的效率。另外，他认为，通货膨胀不可能使分配关系趋于合理，相反，只能使分配更不公允。为此张卓元还出版了《论中国价格改革与物价问题》专著，就通货膨胀、物价问题等做了系统的论述，其中一些重要的观点得到中央决策部门的肯定。
这场有关通货膨胀的讨论从20世纪80年代一直延续到90年代，沸沸扬扬，不一而足，导致了主流经济学家中的思想分野。
仿佛是这场讨论的延续，正当中国改革向前推进的时候，经济学界围绕着价格改革和企业改革这两条线谁先谁后、孰轻孰重、利弊得失等问题发生争论。交锋主要在张卓元和厉以宁两位重量级的经济学家之间。
1983年7月，张卓元调任中国社会科学院财贸经济研究所所长后，价格改革和物价问题成了他研究的重点。在他看来，价格改革和企业改革是经济体制改革的两条主线，企业是市场的主体，价格是市场的灵魂，二者不可偏废。但是，他提出“市场的核心是价格，市场机制的核心是价格机制，市场信号的核心是价格信号及其所反映的市场供求关系”，认为价格改革是经济体制改革成败的关键； 只有充分认识了价格及其特征后，才能全面认识和把握价格改革在经济体制改革中的地位和作用，深入分析价格改革的难点和重点，制定切实可行的改革方案。
但厉以宁教授认为，先进行所有制改革后进行价格改革，才符合中国的实际。厉以宁还总结出先进行价�