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《nature》杂志社里面的编辑看了，却和原先的thomas一样，拿不定主意。他们素来严谨，对不知道正确与否的论文一向持谨慎态度，即便有卢瑟福的推荐，也只肯在“读者来信”中登出。好在a粒子散射实验并不难做，卢瑟福很快在实验室中验证了论文中的数据，并迅速报告了自己的结果，进而推定yorkjohnson关于原子结构的猜想是合理的。
《nature》、《science》都是周刊，这两篇论文相差不过一两个月，但却成功的建立了一个微观的原子结构模型，在西方物理学界引起极大的反响，一时之间，议论纷纷。
卢瑟福听了康格太太对于yorkjohnson这个中国人的描述，对他非常好奇。知道康格太太和儿子thomas要来中国过圣诞节，于是就一道来到中国，打算由此再转道加拿大。
到了美国驻华使馆，康格先生单知道孙元起现在任教于京师大学堂或某一所中学，却也不知道孙元起的具体住处。等了几日，卢瑟福有些呆不住，只好先去询问丁韪良先生。丁韪良是个热心人，而且对物理也兴趣盎然，就自告奋勇的领了大家前来。；
说了半晌，孙元起总算明白了大家的来意。卢瑟福在说话间，四下打量了这间屋子，见有几具简陋的实验仪器，很犹豫的问：“这里是……？”
孙元起也有些尴尬：“京师大学堂正式开学以前，我在一所中学担任物理老师，所以这间屋子算是我的实验室，或者说是教室，嗯，一个简略的instituteofphysicalresearchandteaching……”
卢瑟福疑惑更重：“那您的实验数据如何得来？”
“实验数据？你说论文的数据么？”一转眼，孙元起便想好了答案，“我在美国的时候，已经完成了实验，只是没有一个合理的结论。最近才想到一个符合实验结果的猜想，方写出论文来。”
之后，卢瑟福又问了一些物理问题，好在这些答案不需要孙元起杜撰，便一一为他解答。
时近中午，这群不速之客起身告辞。孙元起本想留他们一块儿吃饭，他们估计看到屋里只有主人孤家寡人一人，便婉拒了。同时，康格一家和卢瑟福都邀请孙元起在圣诞节前后去使馆一趟，盛情之下，只有答应。
卢瑟福的这次来访，孙元起随口说出了“iprt”这个名字（instituteofphysicalresearchandteaching，物理研究与教学学会），这个后世最有名的物理学研究机构就在不经意间出现了。它为世人所知，则是在两个月后的《科学人》杂志上，一位记者采访卢瑟福，卢瑟福在介绍最近物理学发展的时候，首先提及iprt的yorkjohnson。它是中国第一个物理学研究所，而卢瑟福则有幸成为“访问”该所的第一位国际学者。
至于iprt的成立时间，则众说纷纭，具有代表性的有三家：
一是认为成立于1898年8月16日，也就是孙元起入住该四合院的第一天。持这种说法的，主要是私立经世大学（kingshimuniversity）的校史研究者。他们认为，经世大学的最早实体就是iprt。这样，他们的校史就比著名的国立北平大学长了那么几个月。证据嘛，便是孙元起发表在《science》上的作者单位。
一是认为成立与1898年11月初，这种说法先后出现韩蘧、陈骥德的日记和回忆录中，因为韩蘧、陈骥德是iprt创办的当事人，所以他们的观点为官方所采用。
一是认为成立于1898年12月，也就是国立北平大学成立前后。这种观点是国立北平大学校史研究会提出的，并一再申明：孙元起发表在《science》上的通讯地址“kingshimuniversity”，是美国公使康格先生的一个笔误；iprt最初是北平大学的一个研究机构，与北平大学密不可分。证据？iprt的旧址就在北平大学院内，还用证据么！
接下来的几天里，孙元起出于对卢瑟福的崇拜，或者说其他什么原因，先后数次到美国公使馆拜访。在讨论过程中，孙元起总是在不经意间提到了后世对于原子结构的看法，让卢瑟福惊叹不已。
在圣诞节后的一天下午，卢瑟福郑重的对孙元起说：“york，你对原子结构的天才性认识，已经在《science》和《nature》上先后刊登。但在我们交谈过程中，我发现你有更多的发现和更深刻的理解，这些成果足以震惊世界，使得自然科学的发展更加迅速。可是你为什么不把他发表出来呢？”
孙元起耸耸肩，无奈的说：“那些东西，都还只是理论——或者说是猜想，需要时间和实验来证明。如果我把它们写出来，恐怕无法找到出版社来出版。即便出版了，也会和凡尔纳的作品摆在一块儿，被当作是科幻读物的。”
卢瑟福依然很严肃：“不！就像你所设计的a粒子散射实验一样，虽然只有八千分之一的概率反弹回来，但它确实存在，只是需要大量的实验和细心的观察。同样，理论也需要不断的提出，哪怕只有极少数正确。否定错误的过程，也就是我们接近正确的过程。”
孙元起有些心动，觉得如果把一些基本的理论给阐述出来，确实可以使得科技更好的发展，使得这一代伟大的科学家把精力放在更前沿的位置，人类或许可以获得更多的真理和知识。蝴蝶效应说，南美洲的蝴蝶扇动一下翅膀，可能导致北美洲的一场飓风。
“或许，我就是那只蝴蝶……”
九、抱琴于野有知音
公元1898年12月31日，农历光绪二十四年十一月十九日，京师大学堂开学。第一批原计划招生500人，因为戊戌变法失败，许多人都噤若寒蝉，所以招生工作进行得并不顺利，据之后一两年的文献记载，实际上仕学院学生27人，中学生151人，小学生17人，又附课学生43人，合仕学、中学、小学、附课生只有230余人。比崇实中学的学生多不了多少。但它却是中国近现代第一所国立大学，是当代北京大学、北京师范大学等著名学府的前身。
在开学那一天，孙元起作为学校第一批教习，有幸随着中文总教习许景澄、西文总教习丁韪良等参加典礼。之后，大学堂并没有立即开课，毕竟各省选送的学生还没有到齐，相关的准备工作还在缓慢的进行。不过这些都不是孙元起所关心的。孙元起给了老佟几十两银子，嘱咐他准备好送给卢瑟福、thomas的礼物。剩余的钱，每日里买点食物送来。这段时间，孙元起一直躲在屋里写稿子。
那天，卢瑟福的建议确实打动了他，回来权衡良久，决定先写一本简单的小册子，交由卢瑟福带至加拿大，看看能不能有结果。因为卢瑟福打算1月6日动身赴mcgill，以便赶上麦吉尔下学期的开学。所以，孙元起的时间就有些紧，只好每日呆在屋里写文稿。
小册子的名字已经拟好，就叫《从原子、原子结构到元素、元素周期表、分子及化学反应本质》。虽然名字都是与化学有关，其实核心还是原子物理学。事实上，在十九世纪末、二十世纪初，物理和化学并没有太分开，比如作为物理学大牛的卢瑟福，在1908年因对放射化学的研究荣获诺贝尔化学奖。再比如提出电离学说的瑞典天才阿伦尼乌斯，该获物理学奖还是化学奖，也曾让诺贝尔奖评委们产生分歧。在1901年首届诺贝尔奖评选时，他被提名物理学奖，但最终落选。1902年，声名鹊起的他又被提名化学奖，但仍然落选。可作为物理化学的创始人，阿伦尼乌斯的电离学说，在物理和化学两个学科里都具有很重要的作用。无奈之下，化学委员会提出给他“一半物理奖、一半化学奖”，甚至又提出“他获奖问题延期至第二年”。最后，委员会还是把1903年的诺贝尔化学奖给了他。
1869年，俄国科学家门捷列夫（dmitrimendeleev）发现了元素周期律和元素周期表，他将当时已知的63种元素依原子量大小并以表的形式排列，把有相似化学性质的元素放在同一行，就是元素周期表的雏形。门捷列夫在排列元素周期表的过程中，又大胆指出，当时一些公认的原子量不准确。如那时金的原子量公认为169。2，按此在元素表中，金应排在锇、铱、铂的前面，因为它们被公认的原子量分别为198。6、196。7、196。7，而门捷列夫坚定地认为金应排列在这三种元素的后面，原子量都应重新测定。大家重测的结果，锇为190。9、铱为193。1、铂为195。2，而金是197。2。实践证实了门捷列夫的论断，也证明了周期律的正确性。
在门捷列夫编制的周期表中，还留有很多空格，这些空格应由尚未发现的元素来填满。门捷列夫从理论上计算出这些尚未发现的元素的最重要性质，断定它们介于邻近元素的性质之间。例如，在锌与砷之间的两个空格中，他预言这两个未知元素的性质分别为类铝和类硅。就在他预言后的四年，法国化学家布阿勃朗用光谱分析法，从门锌矿中发现了镓。实验证明，镓的性质非常象铝，也就是门捷列夫预言的类铝。镓的发现，具有重大的意义，它充分说明元素周期律是自然界的一条客观规律；为以后元素的研究，新元素的探索，新物资、新材料的寻找，提供了一个可遵循的规律。
门捷列夫排列元素周期表是按照原子量大小来排列，并把相似化学性质的元素放在同一列。这些都是从元素的物理属性（质量）和化学属性（化学性质）来排布，并没有揭露元素之间最本质的差异。孙元起的论文就从这个角度着手。；
论文从孙元起前两篇论文的结论写起，认为原子有原子核和核外电子层组成，因为电子带负电，所以原子核里应该有带正电的其他粒子，它们非常小，却拥有几乎整个原子的质量；它们结构非常稳定，拥有的正电荷数和质量几乎不变；原子核所带正电荷数，决定了该种原子属于何种元素，而原子核所带